引起阴茎肉粒的原因有可能是生殖器不洁或包茎引起的珍珠疹，阴茎珍珠疹，男性龟头缘，为同色或白色，均匀排列的小颗粒丘疹，无炎症，无任何自觉不适。可以用现在的物理科学技术治疗，对人体没有伤害，不会影响以后的生活、家庭等方面的问题，治疗后可以结合中药的调节。
由于龟头的慢性炎症引起的，和包皮过长，包茎有一定的关系。青春发育后的男性，是完全正常的现象，不需治疗，不必恐慌，可以龟头涂抹一些抗感染的药膏对症治疗缓解症状。如果存在包皮过长尽快做包皮环切手术。
阴茎肉粒可能是尖锐湿疣，尖锐湿疣是由人类乳头瘤病毒感染引起的好发于生殖器或周边的性传播疾病。个体小可用物理疗法治疗，而体表尚有少量疣体残存时，可再用外用药物治疗，也可系统治疗。
阴茎珍珠样丘疹属于一种良性病症，有的人持续一定时间后可消退，有的人可持续数十年无变化。因珍珠疹症无传染性，而且不碍健康，故不需要处理。但为了预防该病症加重，重在预防及护理。局部分泌物刺激，只要平时勤洗阴茎及会阴部，勤换洗内裤等就可以避免加重。
阴茎肉粒可能是尖锐湿疣，尖锐湿疣主要是由于HPV病毒感染引起的性传播疾病，也可能是因为感染引起或者是被传染引起。平时饮食要清淡，多食水果，剪短指甲避免挠抓或烫洗，以免皮疹泛发加重病情。
龟头长有小肉粒，而且不痛不痒，符合阴茎珍珠状丘疹的表现，这是一种生理发育上的变异。此症多表现为在龟头后缘、冠状沟处或冠状沟的边缘，可见正常肤色、白色、黄色、淡红色半透明丘疹，外形呈球状、圆锥状或者不规则形状，直径大小在1-3mm，可独立，不融合，在龟头后缘沿冠状沟呈单行或多行带状排列，可以部分或完全环绕整个冠状沟。