可采用穿刺疗法，可以采取B超引导下肾囊肿穿刺的方法，穿刺将囊肿的液体完全抽出，然后注于药物，从而使囊壁不再分泌一些液体；保守治疗，选择敏感有效的抗生素，有助于将脓肿控制，消灭在早期阶段。
可以进行b超或者ct引导下穿刺引流脓液，引流的同时，再配合抗生素使用，可以加速脓肿的吸收；对症治疗，应用碱性类的药物，可降低酸性尿液对膀胱的刺激，抑制平滑肌细胞类的药物，可解除膀胱痉挛和缓解刺激症状。
对症治疗，发烧给予退烧药，有膀胱刺激症状的，可采用碱性类药物，降低酸性尿液对膀胱的刺激，解除膀胱痉挛。超声穿刺治疗，利用超声引导，准确定位，抽洗完脓液，再注入药物，可以避免手术创伤给患者带来的痛苦，缩短病程。
治较好的方法有保守治疗，选择敏感有效的抗生素，有助于将脓肿控制，消灭在早期阶段；腹腔镜肾囊肿去顶减压治疗，分为腹腔入路和后腹腔入路，创伤小，恢复快，减压彻底。
肾脓肿采用以下方式治疗比较好：首先进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿仍然扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。肾脓肿患者治疗期间应该把工作或学习先放到一边，根据病情可在家里多点卧床休息。注意保持生活环境和个人清洁卫生，还要保持室内通风。还可以在医生的建议下进行适当的体育锻炼，如每天坚持晨跑晨练等，提高机体免疫力和抵抗力。饮食上要以清淡为主，忌暴饮暴食、辛辣刺激以及油腻生冷。
中药治疗，中药毒副作用小，能减少对肾脏的损伤，能取得好的治疗效果。腹腔镜进行手术，仅需在腰部打三个小孔，建立腔镜通道，用腔镜进行手术，具有创伤小、术后恢复快等优点。
