肉芽肿性前列腺炎的治疗包括药物、局部理疗和手术等。不同病因，服用不同抗生素等免疫抑制剂等药物。有局部或全身感染症状及继发于特异性感染的肉芽肿性前列腺炎，需抗感染治疗，疗程一般为两到四周。
初期肉芽肿性前列腺炎的治疗应根据不同的病因选用药物、局部理疗或手术治疗。以抗菌消炎药为主，辅以中药治疗。抗生素和消炎药要交替应用2～3个月，治疗及时肿块迅速消失。
前列腺炎一般合并有细菌感染，常见的症状有滴白，尿频，尿急，尿痛不适，治疗前列腺炎的药物有很多种如抗生素类，α-受体阻滞剂，非甾体类抗炎药、抗胆碱能药、中药、植物药等，同时配合一般生活上的护理和适当的物理方式辅助治疗等，效果比较好。
得了肉芽肿性前列腺炎应该去当地比较著名的三甲医院的相关科室去治疗，不要去一些小医院，因为小医院的侧重科室都不同，随意去医院接受治疗可能还会导致病情的加重。
治疗应以活血化淤、理气止痛为主。适当的物理方式辅助治疗等，效果显著。如热水坐浴，同时饮食禁忌辛辣刺激，戒烟酒，多饮水，避免久坐、熬夜、劳累、长时间骑车或开车，避免过度手淫，房事要有规律。
局部及全身感染严重者需抗感染治疗，通常1～3周可以控制症状。若继发于特异性感染，应对病原菌予以治疗，如抗结核、抗真菌治疗等。不同的病因选用药物、局部理疗或手术治疗。