小便时阴茎疼痛是以尿道炎为主，是因为每天加班劳累喝水比较少导致的，也不排除局部没有注意卫生，出现了细菌感染，需要到医院进行检查。每天要多喝点温水，可以配合服用抗菌的药物。
尿道炎是尿道黏膜的急、慢性炎症。
尿道炎常因某些病原微生物滋生尿道而导致炎性反应，常可引起患者尿频，尿急，尿痛等、肉眼血尿及其他这一类症状，发生尿道炎要去正规医院做些检查，同时还要做化验，部分患者可表现为尿道内分泌物相对增多，有些甚至更粘，这些分泌物能做一些检查和化验，可做某些如微生物培养，药敏试验等，再依据这些发现，拟定出相对较优的处理方案。如果诊断不明确或者没有确诊的话就会给病人造成严重的后果。此外，尿道炎患者在生活中也要有所重视，例如，应多饮水和小便，吃蔬菜和水果，对于某些辛辣刺激性食物，尽量不食用。
一般情况下，尿道炎发痒可能是炎症刺激、不注意个人卫生等原因导致的。具体内容如下：
1.炎症刺激：如果患者存在尿道炎的情况，尿道部位容易有炎症反应，炎症刺激可能导致发痒的情况。
2.不注意个人卫生：如果患者不注意个人卫生，可能会导致尿液刺激尿道等部位，从而出现发痒的情况。
建议患者及时前往正规医院，在医生指导下进行对症治疗，积极治疗尿道炎，同时注意个人卫生。
尿道炎其实是一种由致病微生物引起的尿道的炎症的反应，它主要分成两大类：普通的尿道炎和性病相关的尿道炎。它主要的表现是尿频、尿急、尿痛以及尿道口红肿、尿道有脓性分泌物等。
尿道炎、尿道损伤、前列腺炎、结石肿瘤等疾病都可以有小便疼痛的症状出现的。而单纯的靠症状是没办法确诊的。疾病都是不断在发展的，针对不同的病因病情，治疗方式及用药也有所不同，及时到大型医院结合相应的检查明确诊断后做相应的治疗。
非淋菌性尿道炎是指淋菌以外的其它病原体，主要是沙眼衣原体和支原体引起的一种性传播的疾病。临床上主要有尿道炎的表现，但是在分泌物检测中并不能检测到淋球菌。它的典型症状就是尿道刺痛伴有尿急、尿痛、排尿困难，症状较淋菌性尿道炎要轻一些或者是没有症状，表现出尿道口的少量的分泌物，就是泌尿生殖系统的症状，比如女性可引起盆腔炎、宫颈炎等。