畸形精子是指精子头、体、尾的形态变异，头部畸形有巨大头、无定形、双头等；体部畸形有体部粗大、折裂、不完整等；尾部畸形有卷尾、双尾、缺尾等。如果有畸形精子情况，还是要先检查清楚自己的问题，解决清楚后，再考虑要孩子的问题。
生殖道感染；精道部分梗阻；先天性畸形；原发性睾丸功能衰竭；免疫因素，如：自身抗精子抗体等；长期接触有毒化学物质，电离辐射；空气、水质、环境污染及吸烟、酗酒等；长期穿紧身裤及热水坐浴等因素有关。
营养缺乏：与精子产生和成熟相关的微量元素锌、硒最为重要。日常饮食也会影响精子的质量。饮料、油炸食品、烧烤等食物中，所含有的有毒物质及反式脂肪酸等都会对精子质量产生影响。
精子畸形率98%很少见的，精子畸形与受精能力有很大的关系，精子畸形率高，受精能力会相对减弱，从而造成不育。但与胎儿畸形其实关系不是很大，胎儿畸形更多的与遗传、母体环境、用药、外界不良环境等因素有关。
性功能比较差，精子畸形率比较高，这些都可能会影响正常的生育，很多原因都会发生，喝酒吸烟比较多，手淫过度，性生活太频繁在高温高辐射环境下工作都会影响精子质量。进一步完善精浆弹性蛋白酶检查，抽血化验性激素和抗精子抗体，做阴囊彩超，这样才可以明确病因，再针对病因来治疗。
精子畸形的类型主要分为三种，一种是头部的畸形，还有就是中部及尾部的畸形。具有临床意义的精子头部异常包括：圆锥形(长宽分别小于5和2微米，或长超过5微米，宽小于3微米)、不规则形、双头和梨形。其中梨形头与牛的不育关系密切，而其对人类生育的影响尚无更多介绍，一般计在不规则形或圆锥形名下，若判断不明确仍按正常计算。