发现肾脓肿可采用中医治疗，采用微化中药渗透疗法，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，从而使得囊内液不断回收，不断减少，直至不再分泌；手术切除囊肿，肿物较大且有恶变可能时，可以进行手术探查，如果证实为良性囊肿，可将肾表面的囊壁切除，一侧肾实质广泛破坏，对侧肾功能正常者，可行肾切除术。
切除治疗术，早期肾穿刺造瘘鵻，充分引流，观察肾功能恢复情况若肾功能恢复鵻，则矫治梗若，功能鵻不能恢复，且对侧肾功能良好者，应行患侧肾切除术。穿刺疗法，可以采取B超引导下肾囊肿穿刺的方法，穿刺将囊肿的液体完全抽出，然后注于药物，从而使囊壁不再分泌一些液体。
抗生素治疗，对于肺脓肿要做到早期，有效和彻底地给予抗生素类的药物的治疗；可以进行b超或者ct引导下穿刺引流，将脓液引流的同时再使用抗生素类的药物，可以达到良好的治疗效果。
对症治疗，应用碱性类的药物，可降低酸性尿液对膀胱的刺激，以缓解膀胱刺激症状，抑制平滑肌细胞类的药物，可解除膀胱痉挛和缓解刺激症状；穿刺疗法，可实行穿针刺疗法，从皮肤刺入囊肿，吸出囊液，暂时性减轻疼痛。
药物治疗，主要是使用抗生素药物，对于肾囊肿染病病因进行用药，控制症状；手术疗法，细针穿刺抽液和开放手术，前者系在B超指引下用长穿刺针从皮肤刺入囊肿，吸出囊液。
腹腔镜下肾脏囊肿去顶减压手术，手术创伤小、恢复快。另外，如果是不能耐受手术治疗的患者可以采用囊肿穿刺抽液治疗。对症治疗，应用碱性类的药物，可降低酸性尿液对膀胱的刺激，抑制平滑肌细胞类的药物，可解除膀胱痉挛和缓解刺激症状。
