各种外伤、蚊虫咬伤、丘疹或表皮外伤。性交过度。生殖器皮肤感染。前列腺炎常引起阴茎疼痛，可能因为阴茎受到感染或受刺激导致。尿道炎和淋病主要通过性行为传染产生疼痛症状。
导致阴茎痛的原因有，生殖器表皮感染，各种外伤，蚊虫咬伤，丘疹或是任何表皮外伤，性交过度，前列腺发炎也会引起阴茎的疼痛，在未割除包皮的男性身上，发生包皮内的感染即龟头炎，这也会使阴茎肿大和疼痛。
可出现糜烂及溃疡，并且具有带有特殊气味的黄色脓性分泌物。严重者可发生阴茎头坏死。部分患者在急性期后出现尿道粘连和狭窄，导致排尿困难。反复感染可使阴茎或包皮的头部变厚。由于长期刺激包皮垢，阴茎头也可能发生阴茎癌。
而导致疼痛的原因主要有以下几点：如各种外伤，性交过度，前列腺发炎，勃起所导致的疼痛等疾病。另一种造成阴茎疼痛的常见病因是阴茎感染了生殖器疤疹。在病发（疹子长出来）之前。受感染的部位会有持续5—6天灼烧、发痒或疼痛的现象，随后在表皮上就可以发现明显的、看得见的溃伤了。
隐匿性阴茎手术后一般不会复发，但要避免肥胖，但如果是由术后引起的症状，一般会导致局部肿胀以及疼痛等症状，很有可能是由于血肿引起的疼痛，应及时进行再次检查治疗。