针对治疗，该进行抗炎治疗，尽量的调整自身的内分泌功能，夫妻间人工授精，男性如果不想进行长时间的调理治疗，那么可以使用裴尔科密度梯度离心法，对自己的精液中的精子进行分离。
精子畸形是导致男性不育的常见原因。目前导致精子畸形的原因有很多，例如生殖道感染、腮腺炎并发的睾丸炎、附睾结核、精索静脉曲张等。在临床上，不同的原因，治疗方法是不一样的，建议到正规的不孕不育专科医院检查，在医生的指导下对症治疗，才能有理想的治疗效果。
精子畸形率高，应该检查引起精子畸形的原因，根据病因进行系统的治疗，只要有信心就能完全治疗，建议平时养成规律的生活习惯，不要经常熬夜，远离各种辐射环境，这样可以防止畸形精子的发生。
升精子质量、改善精子畸形需要补充蛋白锌、蛋白硒和蛋白质这三个物质。服用三个月的口嚼片来补充蛋白锌、蛋白硒和蛋白质，蛋白锌蛋白硒可以提高精子活力和精子质量，而蛋白质辅助配合能够促进精子生成，增强男性免疫力。三个月再去当地正规医院做检查，以及康复护理工作。
治疗精子异常、弱精、死精症，首先必须查明原因，详细了解的性历史。精索静脉曲张是引起男性不育的因素，现在都采用腹腔镜下精索静脉曲张高位结扎术，不易复发，创伤小，恢复快，效果好，所以建议选择正规医院进行治疗。对精神因素引起的不射精，可以进行性感集中疗法，解除造成不射精的因素，在性交时摒弃一切与性生活无关的忧虑情绪，将感情和感受集中在性生活中。那现在的情况有必要及时检查清楚不射精的原因。
精子畸形的治疗方法有，由生殖道感染引起者，可进行抗炎治疗，由内分泌异常所致者，则给予内分泌功能调整。治疗高畸形率精子症所致不育症应根据引起畸形精子的原因，消除不利因素，针对病因进行治疗。