精子畸形的治疗首先要排除自身疾病如：精索静脉曲张、前列腺炎等。最主要的还要养成良好生活习惯。多吃牛羊肉鸡蛋牛奶，加强锻炼，避免手淫。先调理一段时间再复查。如果没有好转，应该配合药物治疗。
精子畸形率高，应该检查引起精子畸形的原因，根据病因进行系统的治疗，只要有信心就能完全治疗，建议平时养成规律的生活习惯，不要经常熬夜，远离各种辐射环境，这样可以防止畸形精子的发生。
精子畸形影响生育质量，即使勉强受孕，也会给胎儿带来不良影响，如胎儿畸形，或者是胚胎停育，影响生育质量。精子畸形危害家庭幸福，如果男性因为精子畸形，而导致男性不育或者是生育质量差，可能造成夫妻间的感情受影响。严重的时候，还会导致家庭破裂。
升精子质量、改善精子畸形需要补充蛋白锌、蛋白硒和蛋白质这三个物质。服用三个月的口嚼片来补充蛋白锌、蛋白硒和蛋白质，蛋白锌蛋白硒可以提高精子活力和精子质量，而蛋白质辅助配合能够促进精子生成，增强男性免疫力。三个月再去当地正规医院做检查，以及康复护理工作。
不育。可见倦怠乏力，纳食不香，腹胀闷，或腰膝酸软，伴有精索静脉曲张可有睾丸坠胀表现。部分病人有性功能障碍。前列腺炎，睾丸，附睾的炎症，精索静脉曲张等，具体病因最好到医院做详细的检查明确。以便进行有针对性的治疗。
畸形精子一般不会有什么外在的症状，通过肉眼也无法看出来精子畸形，正常男性体内也会有畸形的精子，通常在30%以内，精子畸形率过高（高于50%）则会严重影响到男性的生育，要注意及时治疗。需要去医院进一步检查才能查出病情病因。