目前对于输精管阻塞的治疗主要是对因治疗的，也就是说先要找出输精管阻塞的病因，找出病因后先治疗病因，病因治好了以后输精管自然就会通畅了。临床上对于输精管堵塞的治疗最为常见的方法还是手术治疗，其中，输精管吻合术就是一种能有效治疗输精管堵塞且难度较低手术，具有对输精管堵塞的损伤小、治疗时间不长等的优点。
输精管堵塞与睾丸炎也有关系的，也可能是与输精管炎症有关的，需要进一步检查确诊并治疗，不孕不育的病症及病因有多种，需要到专业的男子医疗机构进行检查，根据检查结果进行治疗。
输卵管堵塞有如下治疗措施：一是抗感染。二是输精管吻合术。三是输精管附睾吻合术。四是肿物切除术。五是尿道内口切开术或尿道成形术。六是人工精液囊。建议先做输精管造影检查，确定情况后可以用手术治疗的。
治疗时首先应针对原发病治疗，如抗炎、抗痨、抗肿瘤等，亦可将堵塞处切除后进行断端吻合，个别情况下可直接从附睾处吸取精子进行人工受精。中医认为输精管堵塞是由于瘀血阻塞精道所致。
在治疗输精管堵塞上，还可以采用显微外科精微定点输精管道吻合术来治疗。该技术是采用全层吻合术来进行缝合，不易勒破男性朋友输精管的粘膜。而且线结不会留在吻合口等基层间，能够完全的对合严密，同能够缩短治疗的时间。避免并发症的出现。术后复通的几率高。