HPV会引起扁平疣，也会引起寻常疣，疣状表皮发育不良，以及宫颈癌等病变；这个病毒很顽固，目前并没有能直接杀死这种病毒的药，只能通过增强免疫力；但很多人用了很多增强免疫力的药照样没用的；原因是这个病毒本身具体伪装功能，能降低局部的免疫力，让人体免疫系统发现不了它。
扁平疣是由HPV中的亚型感染引发的一种皮肤良性增生，主要病毒类型为HPV2、3、4等，虽然具有传染性，但不会引发癌变。扁平疣的治疗方法主要有食疗、手术治疗和外用中草药治疗等方法。其中中草药治疗比较安全可靠。
扁平疣俗称“扁瘊”，是由人类乳头状瘤病毒HPV3和HPV5感染引起的皮肤赘生物。好发于青少年，故又称青年扁平疣。扁平疣有一定传染性，有时由于搔抓将病毒接种在邻近皮肤，呈沿抓痕分布的线状排列。一般不痛不痒，有时微痒。病程较慢，有的可自然消退。由于扁平疣发病时间越长，越容易形成严重的色素沉着，且容易诱发其它严重后果，因此，扁平疣的治疗要及时。
由于HPV感染引起的，属于病毒感染，会通过接触来传播，会引起皮肤出现轻微瘙痒的症状，这个疾病如果免疫力下降很容易反复发作，所以很难治疗好，可配合用一些免疫调节类的药物。
扁平疣是HPV病毒中的某些亚型感染所致的一种良性增生性皮肤病，包括2、3、4、10、28、41、65几个亚型，65是近些年新发现的一种致病亚型，会导致色素性扁平疣。此疾病具有传染性，特别是密切接触者更容易传染，如近亲属之间传染性较大。当它生长于面部时，有损仪表，并且会影响社交活动、人的心情，但是不会导致癌变。
扁平疣和宫颈HPV两者无确切的关系，抵抗力低了防护措施不到位引起的病毒感染，积极治疗就行。HPV检查主要是对尖锐湿疣确定的，患部在阴部的话有可能换了尖锐湿疣的，其实扁平疣和尖锐湿疣都是人类乳头瘤引起的，治疗也可以用同一种药物的。