治疗主要是提高机体的免疫力，抵抗力。也就是用增加局部抵抗力为主要目的。中西医结合、标本兼治。对症下药，还一定要有耐心，密切配合医生治疗，需要比较长的时间才能达到你要想的目的。
主要是切除疣体，再加上抗病毒治疗。尖锐湿疣多通过高频电切、电凝的方式将疣体切除，涂些药物保护创面，预防感染，后续反复发作的话，需要多次切除。再在专业医师指导下，定期注射一些必用药物，经规范治疗后，一般可以治好。注意治疗期间不要与配偶同房，以免传染。
应该进行药物治疗。以局部用药为主，每天涂药多次，七天左右可以愈合，不需吃药打针挂水等全副身心性治疗，激光、冷冻等常规的物理方法治标不治本，单独用多在短期内复发，可配合伤口涂药达到彻底愈合。要引起重视，以免加重病情。忌口海鲜、鸡蛋。勤更换内裤，清水冲洗，不可以用洗涤用品清洗皮肤避免加重过敏症状。一般半个月会自愈。
想检查肛管到肛肠专科做个肛门镜和肛门指检就可以了，肛门尖锐湿疣患病初起呈绒毛状，散在小乳头，在黏膜多为湿性湿疣，在外面多为干性湿疣。湿性疣呈淡粉红色，而干性疣则呈褐色或灰色。其生长较快，成倍增体增长，可生长为成簇的花瓣状疣体，其根部多细而孤立。可有瘙痒或稍微疼痛，阴道或肛门部有分泌物增加，略有臭味。
肛门疣主要是切除疣体，再加上抗病毒治疗。尖锐湿疣多通过高频电切、电凝的方式将疣体切除，外涂抗生素软膏保护创面，预防感染；后续反复发作的话，需要多次切除。再在专业医师指导下，定期注射药物来抑制病毒复制。