病毒性尖锐性湿疣的治疗方法除了抗病毒和免疫疗法外，有必要还要进行手术治疗。术后继续抗病毒治疗一个疗程，注意卫生，洁身自好，积极参加体育锻炼，增强体质，提高抗病能力。
药物治疗。病毒湿疣皮损裂缝间常有脓性分泌物郁积，致有恶臭，且可因搔抓而引起继发感染。本病常无自觉症状，部分病人可出现异物感、痛、痒感或性交痛。直肠内尖锐湿疣可发生疼痛、便血、里急后重感。
病毒性尖锐湿疣初起时表现为细小的，颜色为淡红色的丘疹，针帽或米粒大小。之后可逐渐增大或增多相互融合，其表面凹凸不平，湿润柔软，多呈乳头瘤样、草样、蕈样或菜花样的突起，颜色为红色或污灰色。
需要系统治疗，可以通过激光，冷冻或者光动力。配合抗病毒，调节免疫的药物才能更好的缓解。外用药物治疗尖锐湿疣只能治标不能治本，当然也是可以起到一定改善的。对于尖锐湿疣，尖锐湿疣是性传播疾病，是由于尖锐湿疣病毒，也就是人乳头状瘤低危病毒感染导致的症状。
使用冷冻法治疗尖锐湿疣症状的时候，如果有疼痛的情况出现的情况下，也可以使用止疼药物来进行治疗。另外在治疗的时候要避免有性生活的情况出现，要注意把贴身的衣物做消毒处理，清淡饮食，避免吃辛辣刺激食物。
尖锐湿疣一般并不应用阿昔洛韦进行治疗，虽然阿昔洛韦是一种常见的用于抗病毒的药物，但并不代表所有由病毒导致的疾病，应用阿昔洛韦都可以起效。阿昔洛韦往往用于单纯疱疹或者水痘带状疱疹病毒所导致的疾病，如口周疱疹、生殖器疱疹、带状疱疹等，都是可以用阿昔洛韦来进行治疗的。
