此类药物具有一定的副作用，常见的不良反应有头痛、恶心、呕吐、腹泻等消化系统的症状；毒副反应包括骨髓抑制、肝肾损害、糖脂肪等物质代谢异常。药物使用过程当中要注意严密的监测，避免出现严重的后果，出现问题及时的调整。
艾滋病免费药物的副作用主要包括：骨髓抑制，比如齐多夫定容易引起贫血或者中性粒细胞减少，所以在用药过程中，应该注意监测血常规。胃肠道反应，常见的抗病毒药物好多都有胃肠道反应，主要表现恶心、呕吐、腹泻等。
感染艾滋病后可能会引起免疫力降低，经常性感染，最终缩短寿命。还会引起不明原因腹泻、体重进行性下降、反复发生肺部感染、活动性肺结核、细菌性肺炎，败血症、消化道症状及皮疹。到晚期出现多器官功能衰竭。此外艾滋病可以引起艾滋病肾病，艾滋病肺肝病等疾病直接损害身体。想要预防艾滋病，需要提倡婚前体检，有人认为婚检比较麻烦，就忽视了。其实这种做法是错误的，婚检是可以检测出性病，所以为了每个人的身体健康，应该进行婚检，发现有性病，尽早去治疗，避免把疾病传播给性伴侣。
长期使用的患者容易出现钙磷代谢异常，出现钙的流失、肾小管的损伤。容易出现一些神经系统的表现，比如睡眠多梦、幻觉等表现，长期使用也有可能会出现皮疹、肝功能不正常。
艾滋病是通过感染人类免疫缺陷病毒导致的一个性传播疾病的。如果害怕可以到医院检查一下。是通过这种不洁性生活或者是多性伴侣，或者是接触到艾滋病的一个血液，或者是母婴传染，然后引起来的一个性传播疾病，这个是不能治疗好的。平常要洁身自爱，不要胡乱搞男女关系。