不典型的生殖器疱疹又称亚临床型，有报道可占感染者的50％－70％，较难识别，有时仅现象为包皮、龟头、大小阴唇上的细微裂口、表浅糜烂，甚至是局限性红癍，除皮疹不典型外，部位也不典型，如有的在肛门四面、臀部骶尾部、会阴部、甚至下腹部。由于症状或部位的不典型易被忽略，耽搁了就诊时间也成为该病的主要传染源。
生殖器疱疹是HSV病毒感染引起，复发率高，与机体免疫功能降低有关系的，劳累、受凉、饮酒、感冒都可以诱发的。生殖器疱疹的发作是因人而异的，但不需要过度治疗，需要到正规医院皮肤科就诊。
男性生殖器发生疱疹，与性生活有关。在性关系发生后，如果当时没有做好清洁措施，病菌就会通过一些被损害的皮肤、粘膜组织进入人体，从而引起的一系列疱疹问题。如果自身的抵抗力下降，也会自行引起疱疹。
生殖器疱疹主要是由于病毒性感染导致的，在临床上一般是通过口服药物来治疗，需要治疗一段时间，这段时间饮食要清淡，不要吃辛辣刺激的食物，如果治疗以后症状不减轻，再去医院抽血化验。
生殖器疱疹多在发疹前数小时至5天有前驱症状，表现为局部瘙痒症状。生殖器的部位出现许多小水泡，这些小水泡往往会是一簇一簇的，很快破溃形成糜烂或浅表溃疡，生殖器疱会感觉到局部轻微疼痛，瘙痒，烧灼感。
生殖器疱疹随即出现红斑伴群集瘙痒的小红丘疹并迅速变为多发性水疱，亦可变成脓疱。生殖器疱疹症状为自觉局部灼热感、瘙痒、疼痛明显，并可有排尿困难(常常并发膀胱炎)及步行困难。这是由于局部充血水肿所致。
