体内有寄生虫也会导致指甲凹陷，主要发生在儿童时期。此外缺铁性贫血也会引起指甲凹陷，可以去医院做全面的化验。还有一种皮肤因素可能就是手部或甲周的湿疹、银屑病等疾病，导致的局部营养不良，也会引起指甲凹陷。
指甲盖凹陷是的原因是缺铁性的贫血，当手指甲出现凹陷时和缺铁有很大的关系，缺铁本身不会导致指甲的畸形，但是缺铁的时候会让指甲内的胱氨酸量低于正常，同时还会出现头晕、头痛、烦躁。
与下列因素有关：低氧血症。缺氧可以引起机体动脉氧分压下降，致使末梢组织的血液循环缺氧，引起指甲的营养代谢障碍，形成指甲凹陷。重体力劳动。劳动的强度大小对于指甲凹陷有一定影响。患缺铁性贫血及造成指端缺血的雷诺氏病，可引起指甲凹陷。
指甲盖上有小凹陷可能是营养不良，缺钙容易导致指甲出现白斑点或凹凸不平，而且常扮有腿酸软、抽筋等症状，健康指甲应平滑光洁，甲面无纵横沟纹，甲上无干扰斑，指甲对称，不偏斜，无凹陷或未端向上翘起现象。
指甲盖疼痛大多是由于外伤导致的，特别是隐袭性的慢性挤压而形成的疼痛，有的人可能会出现疼痛的同时，伴有红肿的症状。除了外伤因素之外，也有可能是局部的感染导致，其中最常见的就是甲周炎或者甲沟炎、甲下细菌感染而造成的疼痛。
大拇指指甲凹陷首先可能是维生素或者微量元素缺乏所引起的，建议多补充营养均衡饮食。还有就胃肠功能较弱对食物的营养吸收能力不足，导致营养缺乏使指甲凹陷，如果是这样可以针对胃肠虚弱进行有针对性的调节。