一般情况下，大拇指甲盖凹陷是系统性疾病、银屑病等原因导致的。具体情况分析如下：
大拇指甲盖凹陷的原因有很多，有些是系统性疾病导致的，比如严重的贫血、呼吸系统、心血管系统等，通常会导致指甲甲母质部位供血、供氧障碍，从而抑制甲母质细胞的功能，导致甲母质细胞功能受到抑制，形成凹陷，甚至出现倒甲，形成匙状的倒甲，这就是匙状的甲壳。还有一些是指甲周围的皮肤病，比如银屑病，会影响甲母质的功能，指甲上会出现很多点状的凹陷，称为顶针甲。甲板凹陷是甲真菌病和甲癣的病变。
科学饮食适当的运动和锻炼纠正贫血和缺钙情况必要时可以服补充微量元素的药物以上情况可以逐步康复。大拇指指甲根部凹陷多考虑是有维生素缺乏引起的症状，需要去医院检查一下微量元素，多吃蔬菜水果类，豆类，多晒太阳，多运动。
考虑是缺铁性贫血导致的可能性较大，需要检查一下。需要看内科，进行血常规检查，如果是贫血，应用铁剂进行治疗就可以了。如果没有贫血，可以看适当补充微量元素进行调理也就可以了。
大拇指指甲凹陷，首先要给予诊断。如果凹陷属于真菌感染，进行显微镜镜检，要是检出真菌，就要及时使用抗真菌的药物口服，通常可以口服伊曲康唑，或者特比萘芬。当然如果检测真菌是阴性，有可能是甲营养不良症，对于甲营养不良症发病原因，有可能是末梢的血液循环或甲母质的问题而导致的。
指甲盖凹陷是的原因是缺铁性的贫血，当手指甲出现凹陷时和缺铁有很大的关系，缺铁本身不会导致指甲的畸形，但是缺铁的时候会让指甲内的胱氨酸量低于正常，同时还会出现头晕、头痛、烦躁。
大拇指的指甲盖一按就疼可以通过药物进行治疗。当时因为指甲受到了外部损伤发生局部疼痛的现象，可能是由于指甲突然用力造成局部用力不当，或者指甲长时间没有得到休息而引起的疼痛。