色素痣大多数和父母遗传基因、发育异常、色素细胞良性增生等，许多因素都有发现原因，最好到医院皮肤科就诊，根据医生指导，选择有效方式去除。
1、父母遗传基因：色素痣和父母遗传基因有关系，受到父母显性遗传和隐性遗传后会有黑色素痣，但没有影响到外观的情况下，可以先随着时间对于密切观察，如果有些严重和影响，在液氮冷冻方式去除，液氮冷冻会产生低温，然后破坏色素痣的组织，所以有利于色素痣的脱落。
2、发育异常：色素痣和先天性发育异常有关系，也是属于发育缺陷相关的疾病，体内的黑色素会有分泌减少的状况，如果有必要可以选择通过激光方式去除掉。
3、色素细胞良性增生：黑色素细胞出现了良性增生也会形成色素痣，如果色素痣的体积比较大，可以手术切除。
色素痣是由痣细胞组成的良性新生物，又名痣细胞痣、黑素细胞痣。非常常见，几乎每人都有，从婴儿到老年者均可发生。随年龄增长数目增加，往往青春期发育明显增多，女性的痣趋向比男性更多，白人的痣比黑人的更多。偶见于黏膜表面，本病属于发育畸形，黑素细胞由神经期到表皮移动过程中，由于偶然异常造成黑素细胞局部聚集而成。
可以采用激光治疗的方法。激光去除色素痣做法是首先用药物擦洗治疗部位，消毒，然后用激光作用于病变皮肤，传输的能量会在瞬间使组织里的水分气化，同时带走有色素的皮肤组织，而不伤及周围健康组织。但是如果面积较大的色素痣，而且颜色比较深，就需要采用植皮的治疗方法。
色素痣通常与基因突变、外伤、激素水平改变等情况有关。
1、基因突变：如果在胚胎发育过程当中有出现基因突变的情况，导致黑色素细胞停留在真皮层，就有可能会形成色素痣。
2、外伤：如果皮肤不小心受到外伤导致黑色素细胞出现异常增生的情况，也有可能会形成色素痣。
3、激素水平改变：如果体内激素水平改变导致错构瘤出现良性增生的情况，也有可能会形成色素痣。
色素痣可能会影响外在美观，可以通过冷冻的方式去除，一般是采取液氮冷冻低温的方式，能够作用于病变组织，从而使病变组织死亡脱落，达到去痣的效果。
皮肤出现色素痣原因有很多种，和遗传因素，以及体质因素，外界的化学环境刺激都有直接关系的，应该依靠这种色素痣的大小面积，采取相应的治疗措施。平时应该多注意清洁面部。