脑积水内镜手术的并发症有出血、炎症、感染等。
脑积水内镜手术下的治疗疗效可能不佳，但由于不需要置入分流系统，因此采用内窥镜进行颅内窥镜治疗的病人仍然很多。并发症主要有出血，炎症，感染等；另外，手术过程中有以下的丘脑会造成颅内以下的解剖结构，会引起医源性尿崩，多见于手术时，术后短期内，可能会出现尿频、尿多等情况；另外，如果做了外科手术，会对男性的性生活造成一定的不良反应，从而引起不孕不育。
脑积水内镜手术的风险较大，一般是以下几个方面：
除了出血、感染等常见的并发症外，还有三脑室底部的造瘘术，会对下视丘造成一定的损伤，轻则会引起尿崩，甚至会引起育龄的不孕症。另外，还会对男性病人的性趣产生一定的干扰，从而对其生殖功能造成一定的不利作用。虽然可以通过内窥镜进行短暂的治疗，但随着时间的推移，这种方法的作用会越来越小，有些病人甚至需要进行脑室的腹腔分流术。
一般情况下，脑积水内镜手术是指内镜进到脑室，打通脑脊液循环通路的手术。
脑积水内镜手术可以通过硬式及软式的神经内镜来实现治疗目的，能有效改善脑室内肿瘤引起的脑积水问题，缓解脑积水症状。但是适合此类手术的患者较少，治愈效果比不上脑室腹腔分流术。建议患者结合自身实际情况，在医生的指导下选择合适的方式进行治疗。
脑积水微创内窥镜是利用孔镜，在颅骨上开一个直口，然后将孔镜插入扩张的脑室，进行相应的治疗。脉络膜灼烧、三脑室底造瘘等。脑室系统的内镜手术一般都是用细长的仪器进行，术者需要通过屏幕来查看脑组织的相关解剖和病变位置。微创内镜手术最大的优势就是创伤小，术后恢复快，甚至在手术第二天就能下床，大大降低了住院时间，降低了医疗费用，因此，微创内镜手术是治疗脑积水的最好方法。
脑膜炎并发症脑积水主要是并发梗阻性脑积水造成的。
因为脑积水，是由于严重的渗出粘连，阻塞了脑脊液的通道，造成了阻塞性脑积水。也有可能是由于颅底和蛛网膜颗粒被阻塞，或者是静脉窦被栓塞，导致脑脊液的吸收和循环出现问题。因此，无论何种类型的脑积水，只要能及时的控制住病情，并能从根本上解决脑积水的根源，使其预后良好，一般不需要做手术。
新生儿脑积水并发症可以预防。
脑积水分为胎儿脑积水、新生儿脑积水和成年人脑积水。如果是胎儿在一岁前就会患脑积水，属于先天性脑积水，主要表现为头颅较大、严重头部静脉怒张、眼肌运动障碍等。发现脑积水后需要立即治疗可以有效对并发症进行防治。
患者平时应该多休息，每天做些有氧运动，如散步、慢跑等，保持情绪乐观、开朗，避免不良情绪，有利于身体健康。