药物流产流干净的概率大约在90%以上。
妊娠早期不超过49天可以在门诊应用药物流产，超过49天要慎重考虑，如果有必要的话要住院治疗。药物流产有一定的禁忌症，高血压、心脏病、青光眼等都不能使用药物流产，因为流产药物主要是激素类药物，会导致病情恶化。另外，药物流产后要选择正规的医院进行治疗，因为药物流产最大的副作用就是流血过多。
自然流产流干净的概率是百分之七十左右。如果发生了不可避免的自然流产，绝大多数都能够流干净。极个别的流不干净，宫颈口或者大部分组织流干净了，小部分组织粘留在宫腔内，流不干净做彩超能够发现。
自然流产分为完全流产和不全流产。是否能够流干净，根据孕周的大小以及是否在孕期吃过保胎药来决定。如果孕期服用过保胎药物或者孕周比较大，流出来的几率和流干净的几率就会减少。如果孕周比较小，孕期也没吃过保胎药，发生残留的机会就会比较小。在自然流产发生后还是要服用一些促进子宫收缩和活血化瘀的药物。
药物流产需要10-14天左右流干净。
女性在怀孕后可以通过药物流产或是人工流产将孕囊排出，如果选择药物流产的话，一般在服药后的第三天就能排出，排出时间在2-3个小时，且在10-14天才能完全流干净。如果在14天后仍然出现出血的情况，需要及时前往医院进行检查，如果宫腔内仍有残留物，需要进行清宫手术将残留物排出，避免出现感染。
自然流产通常阴道出血的时间不超过一周，如果在自然流产后一周没有阴道出血的症状。流产后随着子宫内膜的修复，子宫的收缩，如果出血逐渐停止，那么应该就是流产干净了。
服用药物流产后，见到明显的妊娠囊及蜕膜组织排出体外，阴道少量间断性的流血，3-7天干净了，同时B超提示宫腔内没有明显的残留，没有下腹疼痛等明显不适，表示药物流产成功了，是完全流产，算干净了。