一般情况下，药流出来的胚胎处理方法如下：
药物流产后排出来的胚胎应该拿给主治医生看，确认是否完整后，由医院统一处理，不用过于担心，通常无需自行处理。药物流产后，患者身体比较虚弱，抵抗力较差，因此需要养成良好的生活习惯，注意休息，避免熬夜和过度劳累。此外，还应保持清淡的饮食，少吃辛辣刺激性食物，如辣椒、芥末等。
流产出来的胚胎会放入专用的医疗垃圾袋里，送到专门的地方销毁。
女性在做完流产手术后，需要多注意休息，不用担心流产后的胚胎，医生会进行处理。术后一个月内不得进行性生活，保持良好心态，不要剧烈运动，可以多吃一些有营养的食物来促进身体恢复。术后15天左右就可以前往医院复查，排除宫腔内存有残留物的情况，如果有残留物，还需要再次进行清宫处理。
流产后的小胚胎通常会当做医疗废物进行处理，基本上会有特殊的治疗渠道。如果强烈要求把它带走，也可以把它带走处理并埋葬。如果自己不处理，通常会遵循医疗废物处理的统一标准。
胚胎停止发育，没有很好的治疗方法，只能够终止妊娠，尽早进行清宫手术，这样才会减少对妈妈身体的损伤。一般胚胎停止发育之前，要来医院做相关检查，如血常规、血型、凝血四项以及输血四项，还有心电图，必要的时候还需要查肝肾功能，做好这些术前准备以后，还需要检查白带常规，排除有阴道的感染，这样就可以准备做清宫手术。
一般情况下，药流失败可以考虑采取人工流产的办法，具体内容如下：
药物流产是一种通过服用药物从子宫中取出的方式来结束怀孕。服用药物后2-4个小时可以排出。药物流产不成功，需要先进行B超，确定怀孕的部位。如果孕囊的部位没有变化，说明是对药物的不敏感，可以进行人流手术。孕囊卡顿发生于宫腔下方或宫颈部时，可用前钳夹取。这个术式较为容易完成，病人也不需要太过担心。