一般情况下，宝宝总是半夜咳一两声的原因如下：
宝宝总是半夜咳一两声，可能是因为胃食管反流，尤其是刚出生的宝宝，由于其喷门肌肉的生长并不完整，很可能会造成胃食管反流，所以最好在晚饭前尽量少进食，给孩子喂奶后，要注意拍宝宝总是半夜咳一两声和侧躺。
建议家长及时带患儿前往医院检查，明确病因后再进行对症治疗，切勿拖延，以免危害身体健康。在日常生活中，家长要注意给患儿保暖，时刻关注患儿的身体变化，如有异常，需再次就诊。
小儿晚上咳嗽要综合考虑其它的临床症状。如果同时伴有鼻塞，流鼻涕，打喷嚏，或者是清喉咙的情况，那么很有可能是鼻后滴漏造成的，所以要注意鼻部的问题，比如经常用温水洗脸，清洗鼻部，保证鼻腔干净，不会有明显的分泌物。如果是持续性阵发性的持续性阵发性剧烈咳嗽，特别是在咳嗽后出现干呕、呕吐等症状时，要注意是否存在支原体感染。一般的感染不能有效的治疗，病情会比较长，要注意过敏性咳嗽。
孩子白天不咳嗽半夜咳嗽，可能是卧室里存在引起咳嗽的过敏原，比如花粉、尘螨、动物毛发等。另外还可能是咳嗽变异性哮喘引起的，这是因为夜间迷走神经兴奋性增高，使支气管发生痉挛，从而导致出现咳嗽的症状。另外如果是年龄比较小的孩子，还要注意是否有胃食管反流，因为孩子平卧时胃内的食物容易向上反流刺激咽部出现咳嗽，这也是夜里咳嗽的主要原因。
引起夜间咳嗽的原因主要是呼吸系统感染性疾病，如感冒、流感等，患者应明确病因后选择合适的药物治疗。
如果患者的抵抗力较差，或有受凉、过度疲劳等情况，容易使病毒、细菌、等病原体入侵体内，使呼吸道黏膜出现炎性反应，导致局部充血水肿、炎性物质渗出，从而刺激气道，出现咳嗽症状。而夜间迷走神经兴奋，或是由于受到夜晚空气不流通、被子上的尘螨刺激等影响，会导致症状更加明显。患者可以服用对症的中成药来治疗，例如连花清咳片。该药具有抗病毒、抑菌、抗炎作用，可以抑制病原体的复制与扩散，降低病原体对呼吸道的影响，还可以减轻气道炎症反应，缓解气道痉挛，从而有效降低患者夜间咳嗽的频率，提高患者的睡眠质量。
另外，患者在晚上睡觉时应注意保暖，防止受凉后症状加重。还应注意白天室内适度通风，保持空气清新。
最常见的原因是呼吸道感染的情况。如果夜间咳嗽比较频繁，白天比较少，在秋冬季节比较容易出现类似的表现，需要考虑是由于气道的高反应状态导致的过敏性咳嗽。如果是咳嗽之后出现的呕吐，需要考虑是由于夜间咳嗽比较频繁而引起咽部的反射，出现干呕、呕吐。但是如果是呕吐之后出现的咳嗽，需要考虑是由于呕吐物刺激咽喉部而出现的咳嗽症状，所以还需要具体分析咳嗽和呕吐的伴随关系。
宝宝半夜咳嗽厉害，是支气管炎所引起的典型表现，因为卧位睡觉时，胸腔的压力会增加，可导致支气管炎的症状加重。注意多喝水和避免受凉。避免孩子接触到刺激性的化学气体以及二手烟。