通常情况下，粪便中出现真菌感染，一般都是由肠道菌群引起的，并不一定是真菌感染。真菌感染属于机会性感染，人体内有真菌，但如果身体不正常，或是大量使用抗生素，可能会造成真菌的过量繁殖。
在日常生活中，不能过量使用抗生素，也不能滥用抗生素，可以通过服用益生菌进行调理，一般情况下可以自行恢复。真菌感染会随着身体的免疫力的恢复而自动愈合，在日常生活中也不需要太过担心。
真菌感染一般不能自愈。
皮肤霉菌感染通常不会自行治愈，要有针对性的应用一些抗菌药物。浅表皮肤的霉菌性炎症，可以用药治疗，比如：浅表皮肤的霉菌，比如：体癣，花斑癣，足癣，股癣等，可以口服联苯苄唑乳膏，特比萘芬乳膏，萘替芬酮康唑乳膏，阿莫罗芬乳膏等，这些都可以通过一定的剂量进行治疗。
指甲真菌感染大多不能自愈，患者应积极治疗。
皮肤癣菌侵犯甲板及甲下所引起甲病变，俗称“灰指甲”。甲癣的病程缓慢，如果不进行治疗，可终身不愈，所以患者大多不能自愈。建议患者在医生的指导下使用阿莫罗芬、环吡酮胺、特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑等抗真菌药物进行治疗，能够有效改善病情。
脸部真菌感染不能自愈。
面部的霉菌性感染会出现红肿、瘙痒、丘疱疹等，甚至有疱疹液体渗出来。霉菌的发生与机体免疫力下降、作息不规律、饮食不规律、熬夜、暴饮暴食等因素有关。如果是霉菌引起的，可以通过口服的方法来进行治疗，脸上有一些小的疱疹，同时还会有瘙痒的感觉。
一般情况下，肺真菌感染比较难治愈。
肺真菌感染者如果不进行积极有效的抗真菌治疗，有可能会导致病情加重，甚至出现真菌长期定植在肺部，引起肺部反复感染的情况。
针对肺真菌感染主要采取抗真菌的治疗方式，可以使用氟康唑，两性霉素B等抗真菌药物进行治疗，药物的应用需要在医生指导下根据病情情况合理使用。
头皮真菌感染一般不能自愈。
头皮真菌感染是由于头部发生了真菌性炎症，如果是由于头部受到了轻度的伤害，或是机体的抵抗力较差，导致的真菌性炎症，一般是由于头部发生了真菌性的疾病，导致了头部发生了真菌性的炎症，这种真菌的发生是由于头部受到了轻微的伤害，或是自身的免疫力下降，从而导致了头部真菌的感染。