一般情况下，如果患有扁平疣，可以在医生的指导下使用药物进行治疗，还可以使用物理治疗的方法改善相关情况。
扁平疣是一种具有传染性的疾病，是由病毒感染引起的，在日常生活中不要搔抓刺激，可以遵医嘱用重组人干扰素α2b软膏、氟尿嘧啶软膏、五妙水仙膏等进行药物治疗，也可以采用中药的方法进行。此外，还需要通过局部治疗的方法来缓解相关症状，主要包括激光、液氮冷冻等。
一般来说，眼角的扁平疣可以用激光去除。
眼角的扁平疣是可以通过激光去除的。如果是扁平疣，可以使用干扰素凝胶、维A酸乳膏、氟尿嘧啶软膏等，要避免药物进入眼睛。也可以用激光进行2-3次。扁平疣是一种具有传染性的疾病，需要进行自我预防，平时要把自己的卫生用品和别人隔离起来，避免出现交叉感染，在治疗之前尽量避免化妆，以免感染其他地方导致扁平疣增加。平时要避免食用辛辣刺激性的食物，平时要多吃一些清淡的食物。
眼睛上长扁平疣是由病毒感染引起的，具有传染性，可通过如下方法改善去除：
1.眼皮上肉皮比较薄不建议做激光或者冷冻，可以用药物治疗。
2.可以外用他扎罗丁凝胶或阿达帕林凝胶在伤口上涂抹，或用0.5%的鬼臼毒素酊点涂于扁平疣的地方，而非正常皮肤。
3.可以服用病毒灵、异维A酸胶囊、牛羊肉、鱼虾等食物。
4..在日常生活中尽量不要搔抓，个人卫生用品要和别人分开使用，以防发生感染。
通常情况下，眼周的扁平也能增强免疫和抗病毒的作用。可以外用维甲酸、他扎罗汀、重组人干扰素凝胶等药物进行治疗，还可以服用胸腺肽、复方氨肽等等药物来增强免疫力，同时还可以服用板蓝根、夏枯草、通草、薏米仁、生地、甘草等。
对于扁平疣，患者还可以通过激光冻结等方法进行治疗，但对于脸部眼周的患者，最好是使用药物进行治疗，避免留下疤痕。
扁平疣治疗上可以用物理疗法或药物疗法、中医中药疗法等。物理治疗主要选用液氮冷冻和激光治疗、疣组织包埋疗法。中医中药疗法有耳后放血法、火针法、穴位注射法等。药物治疗可以服用增强免疫的药物，因为扁平疣多发生于免疫力低下人群，免疫力增强后，有自身清除病毒的可能，扁平疣是有自愈性的。