婴儿肉毒中毒综合征的治疗方法有一般治疗、药物治疗等。
1.一般治疗：当婴儿出现婴儿肉毒中毒综合征的时候，可用5%碳酸氢钠或1：4000 高锰酸钾溶液洗胃，清除摄入的毒素。对没有肠麻痹者，可应用导泻剂和灌肠排除肠内未吸收的毒素。
2.药物治疗：婴儿肉毒中毒综合征可通过使用抗毒素、甲氧苄啶-磺胺甲恶唑、乳果糖、益生菌等药物进行治疗。
一般来说，婴儿肉毒中毒综合征会有便秘、神经末梢损伤等症状。
1、便秘：便秘是婴儿肉毒中毒的早期症状，大部分婴儿都可能会出现，可能是肠道麻痹、不蠕动等所致，婴儿排便次数减少、不排便。
2、神经末梢损伤：婴儿从便秘到神经末梢损伤症可能是0~24天左右，症状是对称性、渐进性的肌肉麻痹，婴儿肌肉张力下降、哭声减弱、吸吮功能减弱、面部表情缺乏、颈部发软等症状。
一般来说，婴儿肉毒中毒综合征要做病原学检查、毒素试验等检查。
婴儿肉毒中毒综合征需要做病原学检查，通常是将可疑食物、呕吐物或排泄物进行厌氧菌培养。婴儿肉毒中毒综合征还要做毒素试验，比如动物试验、中和试验、禽眼接种试验等，可以进行诊断，还可以判断毒素和定型。如果确诊，应该及时进行治疗，以免影响身体健康。
文献报告均未使用抗毒素治疗而经对症处理和呼吸监护后均获痊愈个别患儿须作机械呼吸性换气多数患儿须鼻饲
