小儿甲状腺舌管囊肿建议手术。
甲状舌管囊肿是儿童颈部最常见的先天性疾病。多数情况下在7岁前被发现，少数因无感染或增大而缓慢诊断至中老年人。其发病在性别上也没有很大差异。甲状舌骨囊肿系统未完全退化的甲状腺舌管或上皮所致，甲状腺起始基在胚胎第4周由咽前转移至颈部，然后逐渐降低形成甲状腺舌导管。治疗一般差异不大，但囊肿是胚胎期舌骨中央盲孔遗留的胚胎发生组织，主要表现为反复局部发红和肿胀。治疗方法应完全清除囊肿和疮孔导管，舌骨囊肿和中间部分完全切除。舌骨上相邻的肌肉也必须切除，才能到达舌根的盲孔，以免复发。
婴幼儿甲状舌管囊肿主要治疗手段是手术切除。但是一岁以内或者从来没有发生过感染的囊肿可以暂不手术治疗。如果有炎症应该先行抗感染治疗等炎症消退后2到3周再行手术切除。
有时在做B超的时候，会发现有一个囊肿，患者会很紧张，不知道会不会有危险，需要对囊肿进行进一步的观察，最好的方法是三个月复查。同时还要检查囊肿是否大，是否有压迫感。比如说，压迫到了甲状腺组织，压迫到了颈部的血管，患者会感觉到不适，如果囊肿生长的太快，就必须要做手术，如果囊肿向外生长，形成一个包在脖子上，会很影响美观。有些特殊的职业，可能会选择外科。同时还要检查囊肿边缘有没有毛刺，里面有没有钙化。
小儿脑囊肿可能是由于脑部受到了感染，要及时去医院进行手术治疗，术后要服用一些抗生素，避免感染，平时要饮食上注意清淡，多吃补脑的食物，多吃富含蛋白质的食物，要多注意休息。
甲状腺囊肿多为良性。甲状腺癌合并囊肿少见，约1%~2%，癌性囊肿、囊液细胞学检查通常可见癌细胞。曾用手术治疗甲状腺囊肿，多切除囊肿。
手术操作造成的骨肿瘤疤痕，影响美观，有一定的并发症。目前多主张穿刺抽取和注射硬化剂治疗。这些固化剂能使囊壁发生无菌性坏死，阻止囊肿生成，使囊壁粘连，达到治疗纤维化、囊肿堵塞、囊肿的目的。该治疗对薄壁囊肿效果最好，有效率达94%。厚壁囊肿疗效差。厚壁囊肿实变肿块与周围组织无明显边界，囊肿内容物血性，反复抽吸后快速积聚，应警惕癌变可能，宜采用手术治疗。术中病理活检为恶性肿瘤，按甲状腺癌处理。