甲状腺炎引起的月经不调，治疗主要从甲状腺疾病开始。
首先，要去医院检查，明确具体病因。例如甲状腺炎可引起甲状腺功能亢进，月经不调，通常伴有多汗、乏力、烦躁、体重减轻等症状。主要考虑使用抑制甲状腺激素合成的药物治疗。平时也要注意休息，严格控制饮食中碘的含量。甲状腺炎导致甲状腺功能下降，引起月经失调，甲状腺功能需要纠正。一般考虑补充左甲状腺激素，定期去医院检查甲状腺功能，调整左甲状腺激素剂量。如果有贫血症状，应适当补充铁剂。甲状腺疾病得到控制后，月经不调症状也能有效缓解。
多囊卵巢综合征是由于内分泌功能失调引起的，主要的临床表现就是影响月经和排卵。控制体重注意饮食与生活方式药物治疗。应该注意清淡饮食，不要吃辛辣刺激生冷的食物，并且要避免进食高脂肪高热量的食物。
一般情况下，服用紧急避孕药物可影响内分泌，导致体内激素水平失调，从而导致月经不调。如果患者未出现明显症状，通常不用进行特殊治疗，应保持积极乐观的心态，并注意饮食，通常会非法正常；如果出现不适在，如月经增多、经期延长等，则需要及时就诊，在医生指导下进行治疗，以免给身体带来更多不良的影响，影响身体健康。
平常生活中要注意保持心情愉悦，避免焦虑，抑郁，保证充足的睡眠，避免劳累，避免进食一些较寒凉的食物，能一定程度上改善月经不调。甲减引起来的月经不调，需要把甲状腺激素水平控制在正常范围之内以后，月经不调的症状就会发生改变。
贫血是一种全身性疾病，可导致各种身体机能减退。如果月经不调的症状与贫血有关，那么有必要进行中西医结合治疗，积极治疗贫血。可以用速尿颗粒治疗贫血，用中药桃红四物汤治疗月经不调。
子宫发育不良又称“幼稚子宫”，指青春期后子宫仍小于正常体积，俗称“子宫小”，月经迟潮伴月经稀少，痛经甚至月经不调，常常是子宫发育不良的重要表现，子宫发育不良主要由内分泌功能不良所致，通常通过了解子宫的大小，还可大体上了解其他内分泌系统是否正常，如脑垂体下丘脑。卵巢等器官是不是有问题，这对以后生育影响很大，严重的会导致不孕，抓紧时间及早到医院详细检查，明确情况后在对症治疗。