一般情况下，孕妇怀孕时附件囊肿有以下治疗方法：
附件上的囊肿一般就是指的是卵巢囊肿。卵巢囊肿是一种良性病变，有些生理性的囊肿与激素水平有关系，会在月经后自行消失。有些囊肿不能自行消失反而会增大，这种情况一般需要手术处理，一般考虑是腹腔镜下手术挖除。
建议孕妇在孕期注意饮食均衡，多吃新鲜的水果和蔬菜，以此来补充怀孕期间所需要的各种元素，保证胎儿的健康。
双侧附件同时患有囊肿确定为恶性的，要及时手术治疗。如果确定为良性病变，而且囊肿的直径小于5.0厘米，暂时不需要治疗，可以每隔3到6个月复查一次，如果囊肿的直径已经超过了五厘米，应该及时手术治疗。
右侧子宫附件囊肿是一种良性肿瘤，需要根据肿瘤的大小决定治疗的方案，如果肿瘤超过5.0厘米，或者是出现了明显的症状，就需要考虑选择手术治疗了。如果肿瘤比较小，没有超过5.0厘米，一般是不需要治疗的。
卵巢附件区的囊肿，如果是在5厘米以内可以暂时观察，可以在2次月经干净以后再重新复查。因为很多卵巢囊肿是功能性的，也就是有可能是卵泡囊肿或者黄体囊肿，一般2个月以后就会消失。如果观察2个月，囊肿继续增大或者没有消失，就是卵巢肿瘤，需要做手术。一定不要做剧烈活动，因为卵巢囊肿容易出现扭转。一旦出现扭转，必须要急诊做手术，会出现剧烈的腹痛，时间长了会引起卵巢的坏死，影响卵巢的功能。
左侧附件囊性包块，要根据包块的大小，决定选择处理的方式。例如，左侧附件的囊性包块比较小，只有2-3公分，可以进行随访，每三个月或者半年要做彩超看一下。如果包括没有增大的趋势，可以继续的随访观察。如果有增大的趋势，可以选择手术的治疗，也可以口服药物。
有明显的腹痛。超声显示子宫内膜增厚和左侧附件区囊肿。可能是感染。或者卵巢肿瘤。如果疼痛现在很明显。需要进一步的验血和妇科检查。如果考虑盆腔炎。有必要使用抗生素进行治疗，并在一段时间后进行复查。