后遗症往往是手术造成的连带损伤，可能发生也可能不发生，最常见的是术后下唇发木，感觉减退，这多半是手术时牵拉下牙槽神经造成的，大多数人都会自己恢复，而且对面部的运动功能没有影响。
做完正颌手术可能会出现的有下巴麻木和关节活动有声响等问题，这都是正常情况，但是由于正颌手术开刀的伤口多在口内，术后若口腔清洁不良，以及生活作息不规律，都会增加感染的机会。
现代的麻醉条件很好，一般麻醉后都无疼痛的感觉，但在麻醉过程中可能存在疼痛，是否疼痛还要结合每个人的疼痛阈值，到公立医院进行手术，安全更有保障，治疗条件也会相对充分。
做正颌手术痛苦程度不大，进行正颌手术的危险性是很小的。正颌手术的风险包括麻醉风险．手术失败风险和术中意外，术后水肿和感染风险，术后复发风险。这些风险的存在是正颌手术受到限制的主要原因。
正颌手术费用在四万到八万之间，具体还要看手术的难易程度和手术范围，比如单颌的手术，比如只做上颌或者只做下颌，手术费用相对来说低一点，在四万到五万之间，如果是上下颌一起做，就可能是六到八万之间。