可出现发烧、腹泻和皮疹，但多不严重，可继续光疗，光疗可分解体内的核黄素，光疗超过24小时，可引起核黄素减少，进而加重溶血，所以宝宝在用光疗的时候要补充核黄素。如果直接胆红素升高，光疗可使皮肤呈现青铜色，即青铜症，可以自行消退。
蓝光疗法具有低的不良反应，是比较安全的。蓝光疗法有：低烧、皮疹、腹泻、核黄素不足等不良反应。会造成不明显的水分流失，在照射时要多饮水。没有蓝光照射后，疹子就会消失。
腹泻是由于胆红素在肠道中的排出，从而促进了肠道的蠕动，从而导致了大便的频率升高。在进行蓝光治疗时，会损伤到体内的核黄素，需要给予一定的剂量。
新生儿黄疸照蓝光有副作用，但是副作用多不严重，是很轻微的，不影响继续照蓝光。蓝光照射的副作用可以有发烧、腹泻和皮疹，因为蓝光可以分解体内的核黄素，如果蓝光照射时间超过24小时，可以引起核黄素的缺乏，所以光疗的时候要补充核黄素。
脸部照红蓝光作用是可以抑制油脂分泌、抑制痤疮丙酸杆菌、消除痘痘等。
1、抑制油脂分泌：脸部照红蓝光能够抑制皮肤上面的油脂分泌，减轻油脂分泌增多的现象。
2、抑制痤疮丙酸杆菌：平时脸上收到了痤疮丙酸杆菌感染之后，可以通过照红蓝光方式进行改善，能够一直抽伤病酸杆菌繁殖，减轻痤疮。
3、消除痘痘：脸部照红蓝光也可以达到，一定消除脸部长痘效果，能够让里面炎症毒素排出，减轻皮肤上面长痘现象，使皮肤变得光滑一些。
常见是发热，因为蓝光照射虽然是冷光源，但是有可能会引起患儿的出现发热，是低热，体温不超过38℃，如果体温超过38℃时，可以把蓝光照射停止一段时间等体温下降以后再进行蓝光照射。
照射蓝光会造成眼底视网膜和生殖器受损，所以在照射蓝光时可以用黑色眼罩和黑布遮盖眼睛和生殖器，蓝光照射治疗一般不会造成发热，因为目前的蓝光照射均为LED灯，热量较小，所以发生发热的几率很少。