定义不同，唇裂为具有先天性的病变或者上火引起的唇裂，不能够像正常人那样有完美的嘴唇表现为一侧或者两侧的嘴唇都裂开，但是腭裂是口腔上半部分出现裂口表现为整个口腔裂开，修复时间不同，唇裂患儿修复的时间是在出生后两个月，但是腭裂就必须要谨慎一点应在患儿满周岁以后半年内手术。
唇裂和腭裂是两个概念，一个是指上唇和鼻底部的裂开，一个是指的硬腭、软腭、悬雍垂的裂开。唇裂经常会伴有腭裂，但也可以单独发生。唇裂和腭裂治疗的时间也不相同，唇裂一般是在出生后3到6个月完成手术，而腭裂一般是在出生后8到18个月完成手术。唇裂的治疗目标是恢复鼻唇的外形，主要考虑的是美观和进食的功能，而腭裂更关注它的语音的功能，当然对进食也有影响。
唇裂和腭裂都是一种面部的先天畸形，也就是在胚胎发育过程当中，患儿的上唇和上腭没有很好的闭合，生出后会发现上唇或上腭有裂隙，都属于一种先天发育畸形，上唇裂和腭裂一般的发生几率在人群中是1‰-2‰。
唇裂只是单纯的嘴唇部裂开，上颚部是正常的，不往上延伸到压槽及软腭；而唇腭裂，是除了唇裂外，同时有软腭裂开（上颚部），严重的可以达到硬腭部在治疗上，是需要手术治疗的，没有其他的好办法，当然，单纯的唇裂，手术是比较简单的，而唇腭裂就比较复杂了。
唇裂和腭裂的小孩生下来，一般唇裂可在半岁之内做治疗，因为唇裂的患者吸奶会有一些影响，应该尽早的把问题解决，腭裂一般在1-2岁之内或者是1岁以内，可以把腭裂修补。
腭裂和唇裂最大的区别是症状不同，而且治疗的方法上会有一定的区别。腭裂主要是牙槽突出有不同程度的断裂和畸形，还会伴随着讲话不清晰，需要在医生的指导下，通过修复手术治疗。唇裂主要是嘴唇部位出现裂开，没有延伸到鼻底部位，可能还会伴随着鼻中隔偏曲，需要通过鼻部复位术治疗。