一般情况下，婴儿鼻炎每天凌晨三点咳嗽几声可能是以下原因引起的。具体分析如下：
小儿的鼻炎在凌晨出现咳嗽，很有可能是因为婴幼儿的过敏性鼻炎。也有一些原因是因为婴幼儿的急性鼻炎，这是因为病毒感染所致的鼻粘膜的急性炎性病变，会出现发热、鼻塞、流鼻涕等情况。当鼻液逆向流入咽喉时，会对咽喉粘膜造成一定的刺激，会导致咳嗽等。宝宝早上出现剧烈的咳嗽，也是因为孩子的胃内容物倒灌到了咽喉，会对咽喉粘膜造成一定的刺激。
孕中后期，胎儿会喜欢在夜间胎动。夜间比较安静，它会感觉妈妈有时间与他玩耍，另外有些宝宝白天睡够了，晚上就需要通过运动来展现他的存在。可以去做下胎心监护，如果没有异常，胎动频繁是正常现象，不要过度忧虑。
可能由于饮食及生活不规律，胃粘膜损伤等导致。平时要规律生活，不要熬夜，日常生活中要注意饮食习惯，不吃油腻的食物，辛辣刺激的食物，生冷的食物。还要保持良好心态，情绪。
凌晨3点才睡觉属于严重的熬夜行为，大多数的激素在凌晨11点到1点之间分泌，此期间如果没有进入深睡眠状态，就会影响正常的激素分泌规律。因此长期的熬夜会导致内分泌失调，熬夜，过度疲劳可能诱发心律失常，导致恶性心律失常增加猝死的风险。
凌晨咳嗽厉害，首先需要考虑的是咳嗽变异性哮喘引起的，咳嗽变异性哮喘的典型表现就是发作性干咳，常发生在半夜或者凌晨。治疗上主要以吸入性糖皮质激素为首选。
经常饮酒会导致失眠。
对于长期饮酒的人而言，往往对少量的低度酒精并不满足，饮酒量会越来越大，从而导致大量的酒精摄入，而酒精摄入的数量越多，对人体的危害就越大，同时酒精还会产生耐受性和依赖性，戒断症状会导致睡眠障碍。其中有些人的症状可能是长期的，最后演变成慢性失眠，而且因为酒精引起的脑神经细胞损伤、肝细胞损伤、胃肠粘膜细胞损伤有关，会进一步加重失眠。
