长期应用可能会诱发一些感染，是可能会产生一些比如肾功能，或者神经系统方面的症状，本药可能有视觉及神经系统的干扰作用。使用本药治疗而可能受到此药干扰作用影响的病患，不应该驾驶或操作危险的器械。
肝移植抗排斥反应的药物有很多，主要包括糖皮质激素、抗增殖的药物、T细胞介导的免疫抑制剂等。抗排斥药物副作用主要包括肝肾功能损害、心血管系统损害、神经系统损害、癫痫发作、顽固性高血压、糖尿病、抗排斥药物中毒等。
主要的不良反应是腹泻，呕吐以及白细胞数目减少。还会导致结肠炎和胰腺炎，在肺部会导致出现呼吸困难最终变成呼吸衰竭。最主要的还是免疫系统功能下降，导致了容易被各种病菌感染，也会有的心肌炎的可能。可以通过定期检查的方法尽可能减少副作用的出现。
一般情况下，粪便移植的作用有纠正患者菌落群失衡状态、治疗某些系统性疾病等。具体内容如下：
1.纠正患者菌落群失衡状态：利用有益菌群的占位作用，患者可以通过粪便移植，来纠正自己的菌落群失衡状态，从而改善肠道微生物环境结构。
2.治疗某些系统性疾病：粪便移植还可以用来治疗某些系统性疾病，比如糖尿病、高血脂症、营养缺乏症等。
不良反应是胃肠道的反应如厌食，恶心，呕吐，胃部不适，反酸，烧心，还有牙龈增生伴出血疼痛，容易造成肾损害，高血压，有惊厥，肝功能异常，胆汁淤积，高尿酸血症，血小板减少，肢体感觉异常，高血糖过敏，白细胞减少，血尿等。
