美牙仪本身只是一种提供冷光的设备，真正使牙齿美白的是涂布在牙齿表面的过氧化氢凝胶，副作用并不大。百分三十浓度的过氧化氢本身是酸性的，如果牙龈没有被保护起来或者涂布不当，有可能发生灼伤，即使灼伤，一般一周左右就会痊愈。如果冷光照射时间一次性太久，超过了二十分钟，也有可能引起牙齿敏感或者脱矿，后期可以通过使用含氟牙膏逐渐恢复。
需要先清洗仪器，把仪器上的水分擦干净，然后再刷牙，在光子仪上均匀涂上凝胶，擦干牙齿，蓝色朝内，然后挤点凝胶在手指上或棉签上均匀涂抹在牙齿及牙根上，不要涂到牙龈上。
新生儿黄疸照蓝光有副作用，但是副作用多不严重，是很轻微的，不影响继续照蓝光。蓝光照射的副作用可以有发烧、腹泻和皮疹，因为蓝光可以分解体内的核黄素，如果蓝光照射时间超过24小时，可以引起核黄素的缺乏，所以光疗的时候要补充核黄素。
蓝光治疗新生儿黄疸是有副作用的，主要是对皮肤的危害较大，容易引起发热、皮肤灼伤、皮肤脱水、钙缺乏和维生素B2的缺乏。所以在治疗的过程中一定注意保护皮肤，适量添加钙剂和维生素B2，多补充体液。
可出现发烧、腹泻和皮疹，但多不严重，可继续光疗，光疗可分解体内的核黄素，光疗超过24小时，可引起核黄素减少，进而加重溶血，所以宝宝在用光疗的时候要补充核黄素。如果直接胆红素升高，光疗可使皮肤呈现青铜色，即青铜症，可以自行消退。
蓝光疗法具有低的不良反应，是比较安全的。蓝光疗法有：低烧、皮疹、腹泻、核黄素不足等不良反应。会造成不明显的水分流失，在照射时要多饮水。没有蓝光照射后，疹子就会消失。
腹泻是由于胆红素在肠道中的排出，从而促进了肠道的蠕动，从而导致了大便的频率升高。在进行蓝光治疗时，会损伤到体内的核黄素，需要给予一定的剂量。
