长期超声波影响会引起人体组织轻微发热。当频率高到超声波或更高时，发热越来越厉害。使体内水分子被烧，周围的组织遭破坏。超声波在一定的剂量和照射时间下不会对人体产生有害的作用，由于在医学上诊断用的超声波是低强度的，通常是没有危险的。
先超声波洗牙对牙齿是没有坏处的，用专用器械去除龈上牙石菌斑和色渍现在常用的超声波洁牙器，是利用超声高频振荡的原理击碎牙石，正确使用对牙釉质或牙本质表面没有损害，和手用洁治器械相比，具有高效去除牙石菌斑，省时省力的优点牙菌斑是不断形成的。
首先超声波洗牙对牙齿是没有坏处的，靠超声波震荡将牙面的牙结石等刺激物去除的，而非靠蛮力刮出，其次如果牙结石附着在牙齿上长期不清除，就会造成牙龈的炎症出血，口臭，牙槽骨的吸收。
超声波洗牙是通过超声波的高频震荡作用，去除牙石、菌斑、色泽，并磨光牙面，以延迟菌斑和牙石的再沉积。超声波洗牙的过程有时候也会用到喷砂技术，就是洗牙机在高压条件下，喷出一种可溶性钠盐，将牙齿表面的烟垢、色渍有效的去除。采用这种超声波洁牙，对牙齿还有抛光的作用，使牙齿表面光洁亮丽、口内清爽。定期进行超声波洁牙，可以有效防止口腔各种疾病的发生。
超声波碎石的副作用是会出现血尿，肾功能损害，还会有石街形成，较大结石碎开后碎石会堵塞输尿管，称为石街形成，会导致腰痛等症状。另外碎石后或许还会出现感染。平时要注意护理。
脑溢血患者，非稳定期禁用，后遗症患者须在医生监护下使用，孕期妇女，禁用，经期妇女，慎用。极个别患者在治疗时偶有烧灼感或刺痛感，这是骨膜对超声波的过敏，带心脏起搏器，有大出血倾向者禁用。
