孕期尽量不接受核磁共振检查。如需明确诊断，亦可进行核磁共振检查，但在妊娠早期，即妊娠头3个月内，尽可能不进行核磁共振检查。
由于在怀孕早期，胎儿各脏器都处于发育成熟阶段，是致胎畸形敏感期，妊娠中晚期可进行核磁共振检查。如妊娠中晚期，胎儿侧脑室宽大，一般不超过1.0厘米，如果超过1.5厘米的话，彩超即可确诊为脑积水；
若侧脑室宽度为1.0~1.5厘米，则需核磁共振来明确胎儿畸形及去留。
磁共振检查肺癌的诊断分辨意义，对肺内病灶分辨率不如CT高，磁共振比CT具有更好的组织对比，更多的各方面的成像优点，CT不能分辨纵隔肺门淋巴结和血管时，磁共振检查具有一定的分辨意义。
月经期间如果做核磁共振检查，就会受到相应大剂量的核磁共振影响。由于磁共振在强磁场环境下检查，因此大部分病人不宜做磁共振检查。这样会容易出现相应的头晕，头痛，有时会出现呕吐的症状，甚至有时候做检查的时间比较长，可能会出现幽闭综合症。对病人的副作用还是比较大的。因此，在时期，是不做核磁共振检查的。
病人在做磁共振检查时，身上不能有金属物品，包括金属假牙。特别是在进行头部磁共振检查时，口中的金属假牙会影响磁场的均匀分布，使得图像不清晰而影响诊断。金属假牙还可能会在强大的磁场作用下被吸入机器内而毁坏机器。
孕妇在怀孕期间最好不要做磁共振的。
一般在孕期不建议做核磁共振检查，特别是孕早期，因为孕早期是胎儿发育的最重要阶段。如果此时做核磁共振检查，磁场会影响胎儿的发育。另外有些检查需要服用造影剂，而造影剂对身体的伤害也比较大。为了安全起见，还是建议孕妇不要检查磁共振的，同时在怀孕期间一定要远离这些放射性的物质，尤其x射线，CT等。
