自身免疫性的损伤引起，常见的有桥本甲状腺炎、产后甲状腺炎、萎缩性甲状腺炎等。甲状腺腺体本身破坏，例如进行甲状腺的手术，或放射性碘131治疗破坏部分甲状腺。过量使用碘，造成具有潜在性的甲状腺损害进一步加重。药物作用，尤其在治疗甲亢的过程中，运用了抗甲状腺药物，在减药的过程中，如果没有进行及时减药，可能会出现暂时性药物性甲减。
甲亢和甲低的区别通常在于发病原因、症状、治疗方法等。
甲亢是指甲状腺合成、分泌的甲状腺激素过多，导致神经，循环，消化等系统兴奋性增高，出现代谢亢进的情况，通常有多吃多饱，容易饥饿，容易发胖，容易发怒，容易失眠，记忆力减退，手抖等症状。而甲低是一种由血液中甲状腺激素过低或身体对甲状腺激素的抵抗所导致的一种低代谢综合征，主要表现为怕冷，乏力，注意力不集中，记忆力减退，失眠，皮肤干燥，体重增加等。在治疗时，甲状腺功能亢进症是通过药物或手术减少甲状腺激素的分泌，而甲状腺功能减退症是补充甲状腺激素。
服131碘当日禁食，服131碘两小时后方可进食。应注意休息，避免过度劳累、情绪激动、感冒、胃肠炎，以免诱发甲亢危象。一个月内禁服含碘药物、禁食各类海鲜食品，以免降低治疗效果。
碘131治疗法会导致人体形成终身性的甲减，如果用量用的不合理，很多人会有恶心，厌食，呕吐等症状，甚至还会导致人体出现咽喉疼痛，咳嗽，白细胞减少等现象。碘131治疗法还会影响到个人的生育能力。
碘131，属于一种放射性核素，治疗甲亢主要就是破坏甲状腺滤泡，使甲状腺一过性释放增加，破坏甲状腺激素合成和分泌的场所，那么约50%的患者治疗后会出现甲减，需要终身口服药物。
很可能出现妇女月经过多的症状，再就是闭经的发生，不孕等表现，再加上脸色发白，眼睑和面部虚肿、表情冷淡，全身肌肤干厚、粗糙、脱屑，非凹陷性水肿和毛发脱落，手掌萎黄色。
还有可能是皮肤瘙痒，关节疼痛等一系列症状。再就是神经精神系统的表现，记忆力下降、智力低下、反应迟钝、多虑、头晕头痛、耳鸣耳聋、眼球震颤、共济失调等，腱反射钝感，跟腱反射可能减弱，再就是痴呆的发生，木僵，乃至昏睡。
此外还有可能会出现失眠等一系列神经症状。此外还可引起心动过缓，心输出量下降，导致血压低、心音低钝、心脏增宽，黏液性水肿性心肌病可出现，还可诱发厌食、胀气便秘等症状，重度可发生麻痹性肠梗阻。
还有一些患者会表现出皮肤瘙痒，全身乏力等症状，这些都是由于长期使用抗生素造成了细菌感染所致。此外还可出现肌肉柔软、酸痛、强直等症状，伴关节病变，如慢性关节炎等。
