副作用主要是治疗后的炎性反应。一般的主要表现为水肿、红肿、红斑，有的可能会暂时性形成炎症后的色素脱失或者是色素沉着。皮秒的副作用相对来说其的激光要小一点，仍然是具有一定的副作用，不过这种副作用一般的都是可以逐渐恢复的。
出现色斑的时候最好是用调Q1064激光，而不是皮秒激光。
色素斑是真皮和表皮之间的基底细胞积累的色素，调Q激光可以直接对色素细胞进行破坏，并被自己的免疫系统的巨噬细胞给吸收。
皮秒激光能有效地改善皮肤内的色素，但对先天色斑的治疗效果不明显。用皮秒激光清洗纹身是可行的，但是皮秒激光是不推荐的。皮秒激光的作用是在真皮下面，造成的伤害比较大。可以通过调Q1064激光来去除斑点，也可以在局部涂抹氢醌霜；如果需要，可以服用氨甲环酸进行辅助治疗，效果更佳。
如果是做了这种激光治疗手术出现皮肤瘙痒，就需要考虑是皮肤本身的功能改变或者是皮肤偏薄，容易引起这种过敏的表现。可以到医院皮肤科就诊检查，根据病情采取药物治疗。注意皮肤卫生，不要吃辛辣的食物，暂停使用化妆品护肤品。
点阵激光是微小的光束作用于皮肤，产生点阵样排列的微小的热损伤区，周围有正常的皮肤，修复较快。在热损伤区表皮有坏死、结痂，可带走色素，起到嫩肤的作用。点阵激光分为无创和有创的点阵激光，无创的点阵激光做完后，会微红，几个小时后红热即可消退，无明显损伤。有创的点阵激光后，表皮有剥脱，会有结痂，痂皮5-7天脱落，皮肤恢复正常。
皮秒祛斑治疗一次，不能把斑全部祛掉，至少要做1个疗程，也就是做3次治疗，每3个月做1次。皮秒祛斑后恢复的时间根据斑的深浅、皮肤代谢的快慢有直接关系，年轻人皮肤恢复的快，多数两周左右可以恢复，三十五岁以后中老年人皮肤代谢较慢，恢复需要三至四周的时间。
