腘窝囊肿的治疗方法有手术和药物。腘窝囊肿是良性的病变，如果较小是可以观察的，但如果增大明显，是需要及时的手术，手术后是有复发的可能，除了手术，没有好的方法，药物是无效的，还是需要及时的就诊，根据情况来处理。
一般需要住院3天-5天可以出院，十天后可以拆线。术后早期住院观察治疗，避免继发性细菌感染，给机体带来不适反应现象。注意休息避免劳累，固定患部减少活动，加强营养增加抵抗力，及时给予消炎对症处理，按时复查处理及康复锻炼身体，早期恢复健康。
腘窝是膝关节后侧的一个解剖结构，发生在该处的囊肿就叫做腘窝囊肿。腘窝囊肿多见于膝关节本身有基础疾病，比如膝关节退行性关节炎、膝关节半月板的损伤、膝关节类风湿性关节炎等。
平时注意减少腘窝的活动，尽量减少膝关节处的刺激，爬楼梯或者长时间蹲的姿势尽量避免对于小的囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要定期复查，观察囊肿是否继续增大。严重的囊肿可考虑手术。
腘窝囊肿跟过度劳累或局部肌腱肌肉等软组织炎症有关，中医方面用中医辨证论治，对证治疗，如用活血化瘀，健脾利湿，消肿止痛的方药，外用舒筋活血的药物外敷会有所好转。
腘窝囊肿临床上大部分是由关节积液压力后渗形成的，也是临床常见而病情不是很严重的疾病，不会导致临床症状的出现的，只要不出现感染对人体没多大危害，也不用太过担心，不存在恶变，或者定期复查了解囊肿的位置大小的变化。
