治肛门闭锁的费用大约是1万-3万元。先天性肛门闭锁是先天性肛门直肠畸形疾病之一，治疗费用会随着患者所处的地区和地区经济发展不同，医院收费标准不同，治疗费用也会有所差别的。
肛门闭锁属于先天发育的畸形，是由于胚胎时期后肠发育障碍所导致的，同时合并有泌尿系统的畸形，男女的发病率没有绝对性的差异，主要表现是无肛门。发现肛门闭锁应该及时行手术，肛门重建。
先天性心脏病本身来说就是发育方面的问题导致的，要给病人进行一个评估，因为病人刚刚出生，就要评估一下是否需要立即处理，随着年龄的增长，应该也不会有所好转，需要干预。
肛门闭锁可采用肠造瘘术，会阴肛门成形术，骶会阴肛门成形术，腹会阴肛门成形术，或者是骶会阴肛门成形术：又称骶会阴直肠成形术，自尾骨尖沿正中向下做切口，直达肛门的部位，黏膜皮肤相互缝合形成新的肛门。
确诊后应迟早行手术治疗，一般施行会阴肛门成形术，也可采用骶会阴肛门成形术。肛门闭锁属于中位畸形，临床常见，由于原始肛发育障碍，未向内凹入形成肛管，直肠发育基本正常，其盲端在尿道球海绵肌边缘，或阴道下端附近，耻骨直肠肌包绕直肠远端，会阴往往发育不良，呈平坦状，肛区为完整皮肤覆盖。
肛膜切开术：于会阴肛区凹陷处取前后纵切口十字切口切开肛膜，使肛门内外相通。然后扩肛至能放入示指即可。术后早期即需开始扩肛，直到排便正常为止。或肛膜切除术：切开肛膜，吸尽胎粪后，沿肛缘剪去肛膜，扩肛使肛管能通过示指，稍游离直肠下端黏膜，然后将直肠黏膜松弛地缝于肛周皮肤。