结石疼痛，一般是上尿路结石引起的反应性肌肉收缩导致的。结石在肾盂、输尿管内急促的移动或突发嵌顿，会导致上尿路急性梗阻，使管腔壁张力增加，这些疼痛部位的感受器受到牵拉后，会引起剧烈的疼痛。
引起肾结石的原因很多，常见的是由于饮食的原因包括喜欢吃些豆制品，动物内脏，海鲜，喝水比较少，排尿比较少，都容易引起结石，尿路感染反复也容易引起结石。出现肾结石不要太紧张焦虑，一般的1cm左右的结石可以通过口服排石药物，促进结石得排出的。
常见的情况就是尿量减少，尿中抑制晶体的形成和聚集物不足，也是泌尿系统形成的因素。再一个泌尿系统的感染，像细菌、脓块、坏死组织，可以成为结石核心。还有在尿路内存留的各种异物，像留置导尿管等，也可使尿中的晶体附着，逐渐形成结石。
体内出现结石主要是由于不健康的饮食习惯，如过食肥肉、动物内脏、煎炸食品导致胆固醇、脂类在体内堆积会引起结石的形成。另外，熬夜、抽烟、饮酒、饮食不规律等也会导致结石的产生。
可能是身体代谢异常，尿路感染等引起的结石，代谢异常有尿液中的形成结石的物质排出增加，如尿液中的钙、草酸、尿酸等排出增加，再有病患饮水量减少，盐类物质和有机物的浓度升高也会促进结石形成。
胆囊结石可能是以下原因引起的。
胆囊结石是由多种原因造成的，不管是什么原因造成的，都会导致胆汁的酸性、胆固醇的代谢紊乱，从而导致胆汁在胆囊内沉积，从而导致胆囊内的结石。肥胖、长期暴饮暴食、高脂肪、高蛋白饮食、高脂血症、糖尿病、胃肠道手术、肝硬化等都属于高风险的危险因子。另外，一些年轻人因为不喜欢吃早饭，导致胆囊中的胆汁滞留太久，导致了胆囊结石的发生。
