肝脏内的胆管结石，可以先尝试药物治疗。如果是胆总管结石，那么还是需要手术治疗，或者是取石。注意个人的饮食习惯，避免油腻高脂肪的食物，暴饮暴食，三餐尽量的规律。
肝胆管结石可引起腹痛和全身皮肤粘膜发黄，从而引起梗阻性黄疸。应该尽早手术治疗。肝胆管结石比单纯胆石治疗相对更难治疗。因此尽早进行肝胆外科手术进行对症治疗。应根据个人情况选择合适的手术，尽早清除结石，避免并发症。
肝内胆管结石是可以出现肝区疼痛，出现阻塞性黄疸，肝功能受损等症状，肝内胆管结石直径小，未导致胆汁阻塞，是可以保守治疗，口服医院所开的口服药物，如果结石较大，出现嵌顿，还是选择手术治疗。
如果胆囊穿孔，是一种非常严重的疾病。由于胆汁在胆囊中，是一种化学物质，如果胆囊破裂，会引起胆汁性腹膜炎、继发性细菌感染、败血症等严重并发症。因此一旦明确需要考虑及时的外科治疗，访问肝胆外科，不能延误治疗时间。
结石在膀胱需要进行保守治疗或者体外碎石治疗，结石掉入膀胱里，一般不需要特殊处理，这种结石一般，直径都在1.0厘米以下，大绝大多部分经尿道能够排出体外，结石掉到膀胱里以后，让病人要多饮水，憋足尿用力排尿，观察有无结石排出。
肝内胆管结石和肝囊肿同时发生需要到正规医院接受治疗。如果肝内胆管结石呈淤泥状分布且直径相对较小，有时会随着胆汁代谢排出体外因此可以不用手术治疗。然而，如果结石的直径相对较大，并伴有明显的腹痛，需要手术治疗。因为直径较大时恶性转化的风险会相应增加。
