小的卵巢囊肿可以用中药治疗。患者可以尝试服用活血化瘀的中药进行治疗，常用的中药有当归、茯苓、益母草等等。患者还可服用中成药如桂枝茯苓丸等进行治疗，但由于患者体质不同，对于中药治疗的效果可能会有不同。如果卵巢囊肿超过了5cm，药物治疗不会有明显的效果，需要进行手术治疗。恶性卵巢囊肿则需要尽早的进行手术治疗，切不可只服用中药耽误了治疗时机。
附睾头囊肿用中药的方法治疗效果没有那么好，附睾的囊肿受到了细菌感染而引发的肿胀，附睾囊肿不大的情况下，可以使用一些抗生素治疗，如果附睾囊肿比较大的情况下，一定要去医院进行手术切除。
在临床上是非常常见的，如果没有什么不舒服的症状，是不需要特殊的治疗的，主要就是积极的注意休息，避免长时间的剧烈运动，如果有一些膝关节的滑膜炎骨性关节炎需要积极的进行治疗，否则关节积液增多容易导致囊肿的增大。如果局部囊肿增大明显，产生的局部明显肿胀的感觉，影响到关节活动受限，是需要积极进行手术治疗的，需要进行手术切除。
目前还没有任何一种药物可以医治肾囊肿，中药也不例外。肾囊肿的医治主要是看囊肿的大小、位置以及临床症状，如果囊肿的径线小于5厘米，病患没有任何的临床症状，只需要定期复查超声，观察囊肿的变化就可以。
膝盖窝囊肿即腘窝囊肿，是指腘窝部位有较软包块。若包块较小且无症状，可暂时不做处理。但若包块增大后，可采用中医治疗，如内服化痰除湿药物，通过服药可使囊肿缩小乃至消失。同时，还可将化痰、祛湿。
若包块较小且无症状，可暂时不做处理。但若包块增大后，可采用中医治疗，如内服化痰除湿药物，经典方剂有二陈汤，包括半夏、陈皮、茯苓、甘草、胆南星和僵蚕等药物，通过服药可使囊肿缩小乃至消失。同时，还可将化痰、祛湿、通络药物做成软膏、膏药进行局部外敷，可达到去除囊肿目的。若经保守治疗无效，可以手术切开治疗。
