如果胃酸分泌多、胃灼热，或者是有胃食管反流、肠胃疾病，对于咖啡这种刺激性的饮品，不要多喝，多喝反而容易伤害肠胃，按照自身的情况来判别。至于咖啡养胃，到目前为止，还没有相关的研究发现咖啡有这个功能，不要用咖啡乱养胃了。
糖尿病人是可以喝咖啡的，但是要在血糖控制良好的情况下喝咖啡，并且Ⅱ型糖尿病的患者喝咖啡最好是不要放糖，喝咖啡的量要合适，最好一天不超过两杯。另外，建议喝咖啡的时间选择在两餐之间，不要在饭后立即喝咖啡，否则会引起血糖的波动，因为饭后立即喝咖啡会引起血糖升高。咖啡进入人体之后，会降低胰岛素的降糖功能，引起多种激素的释放，还会引起血糖运输到肌肉和脂肪当中的功能减少。
病人在哺乳期尽量不要喝咖啡，有部分宝宝会对咖啡因产生过敏，即便是极少量的咖啡因也会让宝宝感到不舒服，烦躁甚至哭闹，对于这些宝宝，病人要少食含咖啡因的咖啡，茶，软饮料，巧克力，以及某些感冒药物。
年轻人相比成年人更容易受到影响，原因在于他们的身体往往不够成熟，另外年轻人对含咖啡因饮料的热衷程度也较高。摄入咖啡因之后其在身体中能够存在长达6个小时之，年轻人在饮用这些饮料之后体内正常血糖代谢机制会遭到持续的干扰，从而会导致将来发生代谢异常的风险增高。
早晨空腹喝咖啡对身体不好，早晨喝咖啡的确有助于头脑清醒、精神抖擞，但须先吃早餐后，才能饮用，否则容易伤害肠胃功能。即使再习惯喝咖啡的人也不能空腹或在接近空腹的状态下饮用咖啡，那样会出现心慌头晕头疼恶心浑身乏力等不舒服的症状的。
