如果患者病理穿刺为二期膜性肾病，患者应当在医生指导下应用相关药物进行治疗。对于一些初发的、表现为非肾病范围内的蛋白尿，而且是肾功能正常的患者，可以暂时不应用免疫抑制剂进行治疗，可以进行非特异性治疗。如可以应用控制血压、减少蛋白尿、抗凝等药物进行治疗，同时密切观察患者病情进展。
可以用点中药进行对症的治疗，采用中医治疗中医中药有扶正祛邪补气养血的功效能提高机体免疫力。膜性肾病是一种比较难治的肾病类型的，一到二期的膜性肾病还是很难在短时间内治好的，治疗的目的是延缓病情发展，保护肾功能。
膜性肾病二期寿命不确定，因为膜性肾病有1/3的人有自发缓解的倾向，这一部分肾病的病人这方面是不影响寿命的，而1/3的病人肾功能急剧进展，发展成为肾衰尿毒症，可能生存的时间大约是10年左右。
能够治好，膜性肾病根据电镜表现可以分为四期，分别为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期，需排除继发性膜性肾病如膜型狼疮性肾炎、乙型肝炎病毒相关性肾炎、肿瘤相关性膜性肾病等。确定为特发性Ⅱ期膜性肾病后根据蛋白尿量的多少，治疗可分为非免疫抑制剂的治疗和免疫抑制剂治疗。
二期膜性肾病可完全治愈，所以不属于严重疾病，需要长期口服免疫抑制剂，部分起效慢，可能三四个月起效，大多水肿明显，所以负担大。如果医治不及时，出现肾血栓，下肢血栓可能性较大。小部分预后不好，对各种免疫药物反应差，效果不佳。随着水肿加重，尿量减少，可出现肾功能衰竭，预后差。
膜性肾病二期如果规律治疗可以好转和维持病情，彻底治疗好还是很难做到的。目前一般治疗方法中药、免疫制剂虽可从一定程度上缓解肾炎所带来的一系列临床症状，但是却无法实现治疗的目的。