脓肿初期积极行镇痛、抗感染及支持治疗，脓肿形成后可行引流或脓肿切除手术。可用药物治疗，在脓肿初期脓液尚未形成前，可清除大块牙石，冲洗牙周袋，根据情况给予镇痛药、抗生素或支持疗法。也可用手术治疗。
现在的治疗方法很简单，就是去口腔医院做局部脓肿地方的冲洗上药等脓肿消退些后，做全口洗牙和局部脓肿部位的深刮治疗，为的是去除附在牙根上的牙石，这才是引起脓肿的病因，单纯的抗生素治疗并不能清除牙石。如果脓肿不严重可以一次完成以上治疗。同时注意口腔卫生。
要进行全身抗炎治疗，建议口服头孢类抗生素，加甲硝唑类药物，可以控制炎症，局部消毒以后把脓肿切开引流。引出脓肿内的脓汁，这样可以明显缓解疼痛，还使得炎症得到进一步的控制。
主要是由于智齿冠周炎而导致的，由于颌骨的退化和牙齿退化不成比例，往往导致第三磨牙萌出位置不足而出现阻生，阻生的牙齿刺激周围的牙周组织产生炎症，称为智齿冠周炎。口服奥硝唑头孢和洛索洛芬钠改善缓解症状。
有脓液形成是可以用针刺破脓肿的。牙龈脓肿大多数是慢性牙周炎引起的，配合服用消炎药物进行治疗，要积极治疗牙周炎等原发性疾病，注意口腔卫生，清淡饮食，多吃蔬菜和水果。
肛周脓肿的病情，那看现在症状不是很严重，那也可先不用手术也行的这时可外用上抗炎的药膏结合上口服的抗炎药物治疗上一段时间看看效果也行，如果说药物保守治疗效果不好，脓肿有增大并且出现疼痛的症状较严重时，这时在考虑手术治疗也行的。
