阴茎短小根本的原因是遗传基因的影响。另外包皮过长会阻碍阴茎的发育。后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
包皮过长容易藏污纳垢，引起泌尿生殖系统的炎症反应，对生殖器的发育也是不利的。到专业的泌尿外科和男科检查，阴茎海绵体血流多普勒，这样才能做出明确的判断，如果血流下降，是可以进行药物补充的，包皮过长一定要行手术治疗，这样才是最安全可靠的。这样才可以减少手术的风险性。如果阴茎勃起后能够达到十厘米正常的，不是什么问题。
肥胖导致阴茎短的小该需要合理减肥，还可以通过手术进行治疗。1、既然是因为肥胖症，那就一定要瘦，最重要的是，体重减轻了，阴茎附近的肥肉就会消退，露出的阴茎就会变大。2、如果出现了很严重的问题，或者多次的减肥不成功，需要做的是在做手术的时候，因为切除了大量的包皮，也会让阴茎变得比之前长。建议家长根据小孩的具体情况，选择合适的方式来处理。
内分泌失调会导致阴茎短小。病人可以进行多次阴茎延长手术和假体放置。阴茎在勃起状态下大于12厘米，在虚弱状态下大于6厘米，这些是正常的。许多短阴道直径是先天性原因，可以进行手术。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。