临床上首先表现为口痛，厌食及低热，亦可不发热。口腔内可见散在性小疱疹或溃疡，位于舌、颊粘膜及硬腭等处为多。皮疹可先见斑丘疹，后转为疱疹。皮疹出现于手脚为多，掌背均有，也可见于臂，腿及臀部。少数见于躯干四肢和口周，皮疹通常不痒不痛，病程较短，多于一周左右痊愈，皮疹不留瘢痕或色素沉着，须防止继发感染，少部分可发生中枢神经系统感染，心肌炎等并发症。
多数手足口病都会出现有不同程度的发热，除此之外，在口腔粘膜的位置也会出现一些疱疹，双手和双足之间都会出现有一些小的丘疹，少的几个，多的有几十个，程度比较严重的，还会伴随有嗜睡或者是精神差，食欲明显下降等表现，随着疾病程度的加重，还可能会危及到心脏等的健康。
发热，手、足、口、臀部等皮肤黏膜部位出现斑丘疹、疱疹，疱疹破溃以后可以有溃疡，一般不会结痂。在早期可能和感冒相似，会出现呼吸道症状，比如咳嗽、打喷嚏、流鼻涕、发热，不容易鉴别，但是一般在发热1-2天以后，会出现皮疹，最早出现的部位在口腔。
手足口病初期症状其实和感冒、上呼吸道感染很相似，也和最常见的腹泻相似，早期可能会有发热、没有精神、乏力、咳嗽、打喷嚏、流鼻涕、嗓子疼等症状，还有一些孩子表现出的是消化道症状，比如食欲不振，比如恶心、呕吐或腹泻，总之都不很典型。在出现皮疹以前，可能都会误以为是腹泻或者是上呼吸道感染。
手足口病表现为发热，可以是低热、中等度热。在婴幼儿的手心、脚底和口腔，出现红色小丘疹，并且迅速转化为小疱疹。疱疹的形状是类圆形，没有痛或者痒的感觉，疱疹内有一点点的液体。有时候在臀部、肛周、膝关节和肘关节，也可以见到少量疱疹。治疗上抗病毒治疗。
主要表现为手掌和新口腔出现疱疹。如果婴儿只有口腔溃疡，可能是由过度的内热或感染引起的。应注意观察流口水。一些消炎药可以局部喷洒，应注意观察是否有发热。如有发热，应注意其他感染情况，必要时可改善血常规检查和炎症指标检查。
