肝内胆管结石的治疗根据病情的轻重程度及治疗是不一样的。如果经过CT或磁共振评估，肝内胆管结石很少，或者根本没有引起胆道扩张，狭窄畸形，肝脏也无改变，也没有临床症状，那么这种结石可以不用特殊治疗，只需要平时注意避免劳累受凉，少吃油腻食物，必要时可以服用利胆药物即可。而对于有经常发作胆管炎或导致胆管狭窄畸形，或是引起肝脏萎缩，癌变等等情况等，需要进一步手术治疗。
多发性肝内胆管结石指肝内胆管多发结石。肝内胆管结石是指发生于左右肝管汇合部以上的结石，肝内胆管结石的病因复杂，主要与肝内感染、胆汁淤积、胆道蛔虫等因素有关。
严重者容易出现疼痛加剧，甚至是急性化脓性胆管炎的现象发生，除了在正确的指导下选择合适的治疗方案外，应多吃含维生素丰富的食物，如新鲜蔬菜、水果、芝麻油、谷类、豆类以及动物内脏等；饮食多样化，注意色、香、味、形，促进病人食欲；烹调食物应多采用蒸、煮、炖的方法，忌食难消化的食品，禁饮酒。
肝内胆管多发结石是因为胆囊炎反复出现导致的，可以吃点口服利胆药，要定期进行复查，时候要是结石继续变大，时候就要进行手术治疗，现在还是要继续进行药物治疗，要多吃新鲜的水果和蔬菜，保持良好心情。
这与通常的饮食习惯有很大关系。如果肝内胆管结石没有梗阻，肝功能没有异常，肝区也没有疼痛，可以进行保守观察和定期复查，而无需特殊干预。应该注意饮食。尽量不要吃零食。晚上10点以后尽量不要吃东西。
肝内胆管结石不会自愈。如果患者有手术指征及早进行手术治疗。采取的手术方式是高位胆管切开取石术。如果患者肝内胆管结石造成某一叶的肝脏萎缩，可以行肝部分切除或者肝段切除。
