主要是具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，并且随着卵巢周期性的变化而发生变化，比如在周期性的子宫内膜脱落出血形成临床月经的时候，种植在卵巢上的子宫内膜也会出现周期性的出血现象，天长日久，出血量会增多，并且会形成陈旧性的出血，陈旧性的出血肉眼所见类似于巧克力的样子，所以称为巧克力囊肿。
有不注意性生活的原因，尤其是在月经期间很容易引起月经返流，从输卵管进入卵巢生长，尤其是较多的血容量女性更容易出现月经返流。卵巢功能退化，会出现局部免疫缺陷，在月经期间刚好逆流进入卵巢子宫内膜碎片无法正常清除，最终在卵巢生长并引起巧克力囊肿。
巧克力囊肿的原因是，卵巢内有另一处子宫内膜异位症；做巧克力囊肿切除手术的时候做的不彻底，还留有病患；卵巢巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。
因为多次分娩或者流产，容易导致子宫内膜粘连，进而引起子宫内膜碎片排出不畅的问题，因此这些废旧垃圾就容易堆积在宫腔内而不能经由阴道排出，长期这样就有可能触发巧克力囊肿。
日常生活中一定要注意良好的生活和饮食习惯。饮食上应该尽量清淡，尽量不要多吃辛辣、生冷、油腻的食物。还可以多吃蔬菜和水果，多补充维生素，提高抵抗能力。多喝开水这也是很重要的。
克力囊肿的本质是子宫内膜异位症，子宫内膜本来是应该只存在于子宫内，子宫内膜具有根据体内激素水平的变化周期性增殖、脱落而形成月经。但是因为某些原因，现在医学目前还不清楚，子宫内膜出现在别的地方，例如卵巢。出现在其他地方的子宫内膜也和处于子宫内的子宫内膜一样，具有周期性增殖、脱落的规律。要去正规医院进行治疗，不要耽误治疗时期。
